基于特征序列和CGR方法对Rh血型基因特征的研究

发布时间：2017-12-29 10:07

  本文关键词：基于特征序列和CGR方法对Rh血型基因特征的研究　出处：《江南大学》2009年硕士论文　论文类型：学位论文

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【摘要】： Rh血型系统作为人类最复杂的血型系统之一,其临床意义仅次于ABO血型系统。在临床输血实践中因ABO、Rh血型不合的妊娠或输血可发生输血反应和新生儿溶血病。本文的主要工作包括以下几个方面: 1、根据a, t, c, g的化学结构分类,给出了DNA序列的特征序列概念(σ-,τ-和στ-)并推广到蛋白质序列中,从而给出一种数值刻划,将蛋白质序列简化成一个(0,1)序列,并且应用到18条三种结构(α螺旋类,β折叠类,αβ类)的蛋白质序列中,得到了不同结构蛋白质序列的一些二级结构的信息。从另一种角度出发,根据氨基酸分子量与简并度的相关性,给出了DNA序列的特征序列概念(ω-)并推广到蛋白质序列中,通过数值刻划,将蛋白质序列简化成一个(0,1,2)序列,通过比较特征序列的数值刻划图,得出RHD基因和RHCE基因均偏爱使用低分子量且高简并度的氨基酸。 2、利用基于经典HP模型的蛋白质序列的混沌游走(Chaos game representation,简称CGR)的方法,给出了RHD基因的蛋白质序列的CGR图,可作为蛋白质序列的二级结构的一个特征图谱描述,同时给出了RHD基因的DNA序列的CGR图,并且计算出了RHD基因的相应的马尔可夫两步转移概率矩阵,从而得到RHD基因对编码氨基酸的三联子的第三个碱基的使用偏好性。 3、提出了一种新的氨基酸编码方法:拟氨基酸编码方法,并且计算了基于拟氨基酸编码方法下的78个人类基因的同义密码子的相对使用度,结果表明这些特征不但与石秀凡等人的研究结果一致,而且更为明显。说明了拟氨基酸编码方法更具合理性和科学性。进而计算了人类Rh血型系统中RHD基因基于拟氨基酸编码方法下的同义密码子相对使用度(QRSCU),以及QRFN3’,得出了RHD基因对密码子的偏好使用性以及后面所接碱基的偏好性。 本论文的创新点为: 1、提出了一种新的特征序列(ω-特征序列)。 2、利用提出的一种新的氨基酸编码方法:拟氨基酸编码方法,建立了QRSCU,并应用于Rh血型系统研究。
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【学位授予单位】：江南大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2009
【分类号】：R394

【参考文献】

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本文编号：1349822