全基因组关联研究中的二阶段病例-对照设计

发布时间：2018-04-02 07:51

  本文选题：全基因组关联研究　切入点：基因分型　出处：《南京医科大学》2010年硕士论文

【摘要】：近年来,全基因组关联研究(GWAS)已成为研究人类复杂性疾病中遗传变异的重要手段。GWAS中关心的三个主要问题分别是:检验效能、假阳性和研究经费。传统的研究设计是单阶段病例-对照设计,但是要保证研究的检验效能,所需的基因分型经费较多。在预算有限的情况,为保证研究的检验效能,需要良好的研究设计,因此,有人提出了二阶段和多阶段病例-对照设计。 本研究介绍了二阶段病例-对照设计的基本原理及实施步骤,并采用模拟试验,探讨在研究预算有限的情况下,GWAS中二阶段病例-对照设计的检验效能(Power)、总Ⅰ型错误率(FWER)、阳性错误发现率(FDR),并与单阶段病例-对照设计比较。同时研究了不同遗传模式(相加模式和显性模式)、不同的致病等位基因频率MAF、基因型相对风险GRR、不同的第二阶段与第一阶段平均每个SNP基因分型费用之比r条件下,对结果的影响。 本研究的主要结论如下: (1)在经费不变的前提下,全基因组关联研究中,二阶段病例-对照设计的检验效能高于单阶段病例-对照设计。 (2)第二阶段与第一阶段平均每个SNP基因分型费用之比r较高时,二阶段病例-对照设计的检验效能有所降低。 (3)单阶段病例-对照设计和二阶段病例-对照设计对研究的总Ⅰ型错误率FWER均较好的控制在研究前预设的检验水准0.05左右。使用相同的检验水准控制研究的总Ⅰ型错误率FWER,二阶段病例-对照设计的阳性错误发现率FDR总低于单阶段病例-对照设计。
[Abstract]:In recent years, Genome-wide Association Research (GWAS) has become an important means of studying genetic variation in complex human diseases. False positives and research funds. The traditional research design is a single-stage case-control design, but in order to ensure the effectiveness of the study, more money is needed for genotyping. In the case of limited budget, in order to ensure the effectiveness of the research, Good research design is needed, so two-stage and multi-stage case-control designs have been proposed. This study introduced the basic principle and implementation steps of the two-stage case-control design, and adopted the simulation test. To explore the test effectiveness, total type 鈪，

本文编号：1699465