中国HIV-1B’毒株gag基因变异特征研究

发布时间：2021-07-29 20:45

  HIV-1 B亚型毒株是全球最早发现的HIV毒株,在北美、西欧、东南亚都有广泛流行,其所占比例分别为HIV感染者的98.42%、87.62%、38.00%。由其衍生而来的B′毒株已成为我国流行的主要毒株之一。本文选取了2002年到2008年间通过献血途径感染的182名感染者,经PCR扩增和序列测定后获得gag基因全长序列,与下载自Los Alamos HIV序列数据库的62条中国B′亚型毒株和254条美国B亚型毒株gag基因全长序列一起,分析中国B′毒株与美国B毒株间的差别并研究其变异发生的规律。 对本研究获得样本gag基因系统进化分析结果表明,所有样本均为B′亚型,并聚集为单一的进化簇。熵值和基因距离分析结果表明,我国HIV-1 B′亚型毒株gag基因变异率从大到小分别为p6、p2、p17、p1、p7和p24。在Gag蛋白HLA递呈CTL表位中的氨基酸位点(n=258)的熵值显著地高于表位外氨基酸位点(n=243)的熵值(P=0.015)。对主要同源区和亲环素A结合基序分析的结果表明,主要同源区内有10.44%的样本发生了R154K的突变;亲环素A结合基序内有18.68%的样本发生了H87Q/P突变,另外还有15.38%的样本发生了V91I的突变。 中国B′亚型毒株(n=244)与美国B亚型毒株(n=254)比较分析发现,二者平均熵值分别为0.14和0.17,美国B亚型毒株的变异大于中国B′亚型毒株。Entropy-Two分析发现二者在111个位点的氨基酸组成上有显著性差异。其中25个位点的氨基酸组成呈现变异复杂度增加;其余86个位点呈现变异复杂度减少。一致性序列比较结果表明有17个位点在两组中不同,其中76、79、94、102、118、125这6个位点在本研究及既往研究中都是差异有统计学意义的位点,且共享氨基酸都发生了改变。 为了分析中国B′亚型与美国B亚型毒株氨基酸组成不同的原因,将中国B′亚型gag基因序列按照样品采集时间分为3组,以确定各位点的进化过程。结果表明,以第Ⅰ组(2002-2003年)序列为参考组,第Ⅱ组(2004-2005年)和第Ⅲ组(2007-2008年)序列中分别有18和31个位点的氨基酸组成有显著性差异。在中国B′亚型毒株与美国B亚型毒株有显著性差异的111个位点中,有13个位点在随时间变化分析中同时出现。其中122、397、440位在两种变异分析中均呈现变异复杂度增加趋势,440位被已发表CTL表位覆盖,122和397位尚无已发表的CTL表位,这些位点是否有未发现的新表位需要在今后免疫实验中证明;62、102、369、371在两种变异分析中均呈现变异复杂度减少趋势,这4个位点都位于Gag蛋白重要功能区;53、91、130、146、385、389在两种比较中呈现相反变异的规律,提示病毒在不同宿主免疫压力和环境选择压力下朝着不同方向进化。 本研究对HIV-1 B′毒株gag基因变异特征及变异规律进行了系统分析,该结果为HIV-1 CTL逃逸突变的研究奠定了基础,同时为研制有效药物和疫苗提供了重要的参考数据。



本文编号：2151439