针对H1N1的miRNA靶基因预测算法研究

发布时间：2018-08-15 19:02

【摘要】： 目前,人们非常关注microRNA(miRNA)的生物学功能,然而研究miRNA生物学功能的关键之一在于miRNA靶基因的确定。现如今,miRNA靶基因的确定主要依赖两种方法,其中生物学试验方法主要是利用免疫共沉淀来寻找与AGO蛋白发生作用关系的mRNA,或者研究miRNA调控的mRNA水平和蛋白质水平上的一些变化去发现miRNA靶基因。而物信息学方法主要根据miRNA及其靶基因之间的相互作用关系、miRNA与靶基因的配对情况、miRNA的保守性、靶基因物种间的保守性及miRNA与靶标二聚体能量等特征来设计并实现软件。 由于2009年甲型流感病毒的大爆发,使得研究人员发现流感病毒对人类健康的威胁越来越大。根据过去的研究,我们知道人体内部分miRNA对病毒的基因有调控作用,可以起到对于病毒的抑制的作用,这正启发我们应该研究人体内可调控流感病毒的miRNA序列及抑制流感病毒复制和增值的靶位点,这对于我们预防和治疗流感病毒具有非常重要的意义。 本文通过对于流感病毒及miRNA的学习,以流感病毒基因序列对近几年的一些重要的靶基因预测软件进行比较分析,通过采用生物信息学研究中广泛使用的预测软件来评价标准,进一步总结预测算法之间的优缺点,同时也为以后的新算法研究提供可参考的数据。
[Abstract]:At present, people pay much attention to the biological function of microRNA (miRNA). However, one of the keys to study the biological function of miRNA lies in the identification of target genes of miRNA. Nowadays, the identification of miRNA target genes mainly depends on two methods. The biological method is mainly to use immunoprecipitation to find the mRNAs that interact with AGO protein, or to find miRNA target gene by studying the changes of mRNA level and protein level regulated by miRNA. However, based on the interaction between miRNA and its target genes, the conserved nature of miRNAs and target genes, the conservatism of target gene species and the energy of miRNA and target dimer, the software is designed and implemented by the method of bioinformatics. Due to the outbreak of influenza A virus in 2009, researchers have found that influenza virus is a growing threat to human health. Based on past studies, we know that part of the miRNA in the human body regulates the genes of the virus, which can inhibit the virus. It is suggested that we should study the miRNA sequence of human influenza virus and the target of inhibiting the replication and increment of influenza virus, which is of great significance for the prevention and treatment of influenza virus. Based on the study of influenza virus and miRNA, this paper compares and analyzes some important target gene prediction software in recent years with influenza virus gene sequence, and evaluates the standard by using the widely used prediction software in bioinformatics research. The advantages and disadvantages of the prediction algorithm are summarized, and the reference data are provided for the future research of the new algorithm.
【学位授予单位】：吉林大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2010
【分类号】：R341

【参考文献】

相关期刊论文 前7条

1 杜宁;王大燕;舒跃龙;;2009新甲型H1N1流感病毒病原学概述[J];病毒学报;2009年06期

2 夏伟;曹国军;邵宁生;;MicroRNA靶基因的寻找及鉴定方法研究进展[J];中国科学(C辑:生命科学);2009年01期

3 段成国;王春晗;郭惠珊;;microRNA对植物生长发育和病毒侵染的调控[J];科学通报;2006年04期

4 黄一伟;张红;刘运芝;黄凰;夏昕;;2009年甲型H1N1流感研究进展[J];实用预防医学;2009年06期

5 程现昆;;我国生物信息学研究现状与展望[J];中国科技信息;2006年08期

6 陈铭;后基因组时代的生物信息学[J];生物信息学;2004年02期

7 陶然;尚世强;;人感染甲型H1N1流感病毒的研究进展[J];中国循证儿科杂志;2009年03期

相关博士学位论文 前2条

1 童庆;面向基因预测的信息处理方法研究[D];中国科学技术大学;2006年

2 刘辉;miRNA靶标预测的系统生物学方法研究[D];中国矿业大学;2009年

相关硕士学位论文 前1条

1 唐可成;miRNA靶标预测算法和靶标作用机制的研究[D];国防科学技术大学;2007年

，

本文编号：2185118