我国伤寒和甲型副伤寒沙门菌PFGE的分型研究

发布时间：2020-03-09 07:08

【摘要】： 伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌是引起伤寒和副伤寒的主要致病菌,目前伤寒和副伤寒在全世界尤其在东南亚、非洲等许多发展中国家依然是一个严重的公共卫生问题。据世界卫生组织统计,2004年全球约有2160万人患伤寒,541万人患副伤寒,共导致约22万人死亡。在我国伤寒和副伤寒是重点防治的传染病之一,被列为乙类传染病。1990年以前,我国不同地区伤寒、副伤寒发病率在10/10万-50/10万之间波动,1990年以后,发病率有所降低,在4.08/10万-10.45/10万之间。但是近年出现新的流行趋势,甲型副伤寒在一些省份出现并迅速流行,在局部地区甲型副伤寒甚至超过伤寒成为优势菌感染,并表现为流行地区逐渐扩大。 在传染病的监测、暴发识别和追踪溯源方面,分子分型方法对病原学的分析有着重要的作用。脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)是分子分型的重要技术之一,它重复性好、结果稳定、易于标准化,已在分子流行病学分析中得到了广泛应用。本研究使用PulseNet Asia Pacific推荐的基于鼠伤寒沙门菌的PFGE分型方案,初步建立了我国伤寒沙门菌的PPGE分型数据库。数据库所有的菌株为中国疾病预防控制中心传染病控制所(ICDC)保存的我国自1959年至2007年期间分离的伤寒沙门菌菌株共930株,XbaⅠ酶切PFGE电泳后用BioNumerics(Rersion 4.0)数据库软件处理,构建我国伤寒沙门菌分离株的PFGE分型数据库,并进行聚类分析(UPGMA),聚类相似性系数在41.4%-100%之间,可分为456种带型,每种带型包含1～44株菌,平均每种带型包含2株菌,38种带型在不同的省份交叉出现,而418种带型属于每个省份的独特的带型,63种带型在不同的年份交叉出现,其余的393种带型属于每个年份的独特的带型。各地之间存在着差异明显的多个克隆系,并在不同的年份出现,提示了这些分离株的变异度比较大。而有些带型在不同年份的反复出现,反应了伤寒沙门菌不断变异中的一种相对的稳定型。本数据库能够与国际实验室监测网络连接和共享,可以为我国伤寒监测分析以及国际化的伤寒预警和应急反应服务。 由于发达国家甲型副伤寒发病率很低,在0.4/10万-3.7/10万之间,多呈散发,PulseNet公布的沙门菌PFGE标准化方案主要是针对鼠伤寒沙门菌血清型。近年来,甲型副伤寒在我国和东南亚国家引起流行,在对甲型副伤寒沙门菌分离株的监测分析中,发现使用针对鼠伤寒沙门菌的PFGE分型方案在用于甲型副伤寒沙门菌的分析时,其分辨能力有限。为探索更适合于甲型副伤寒沙门菌分离株的PFGE分析程序,因此在本研究中对核酸内切酶以及PFGE电泳参数进行优化筛选,选择XbaⅠ、SpeⅠ和XhoⅠ三种限制性内切酶作为选定的内切酶,在甲型副伤寒沙门菌的PFGE分子分型的几种电泳参数中,通过比较选择每种酶区分能力最强的电泳参数,并选出一种首选酶的PFGE分析过程。对于每种酶选择不同的电泳参数对甲型副伤寒沙门菌菌株进行分析,通过比较不同参数的电泳图谱获得的分辨率,选择三种酶的具有最大区分能力的电泳参数,进一步确定最佳的酶。通过对来自不同年代和不同地区的33株甲型副伤寒沙门菌进行相似度和分辨率的分类和比较分析,发现使用XbaⅠ酶切的PFGE电泳参数1.5-29s,20h;使用SpeⅠ酶切的PFGE电泳参数1-20s,20h;使用XhoⅠ酶切的PFGE电泳参数2.2-29s,20h,分辨率最高,分成的型别最多分别为17种,23种和15种。再对这三种酶进行比较,发现SpeⅠ的分辨率最佳,由此确定甲型副伤寒PFGE最佳内切酶和电泳参数。利用该优化条件能够提高甲型副伤寒沙门菌分离株PFGE分型的分辨率,利于暴发流行的实验室监测分析。
【图文】：

酶切图谱上相同片段在 XbaⅠ选定的参数，，左边突出显示的数字表示相应箭片段之间距离与最大最小片段之间距离条件侧重区分的片段大小。可见，X段区分能力最强；X-b对每个区间的X-aX-b X-c

Ⅰ限制性酶切图谱上相同片段在 XbaⅠ选定的三种电示电泳参数，左边突出显示的数字表示相应箭头处中对应片段之间距离与最大最小片段之间距离的百反映三种条件侧重区分的片段大小。可见，X-a对>0.1 kb的片段区分能力最强；X-b对每个区间的区分310.1138.954.720.545.024.018.512.529.929.924.016.222.033.027.816.7X-aX-b X-c
【学位授予单位】：苏州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2008
【分类号】：R378

【引证文献】

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1 陈惠娟;北京地区肉鸡场沙门氏菌的流行性、耐药性及分子分型研究[D];扬州大学;2011年

本文编号：2585755