C57BL/6J小鼠肝脏磷酸化蛋白质组研究技术方法构建及应用

发布时间：2020-12-06 04:08

　　蛋白质的磷酸化修饰是最重要的蛋白质翻译后修饰之一。蛋白质的磷酸化和去磷酸化过程是细胞内信号转导、基因表达等诸多生命过程中最普遍也是最重要的调控手段之一[1],在生物学功能研究领域受到广泛的关注。以质谱技术为核心的磷酸化蛋白质组学研究的方法可以系统、规模化地对复杂体系中的磷酸化蛋白质进行定性及定量分析,从而为与蛋白质磷酸化相关的各种生物学功能研究提供通量化的技术平台和极有价值的数据集。但由于蛋白质的磷酸化修饰含量少、化学计量值低、质谱检测离子化效率低,使得磷酸肽的质谱检测较为困难,且在复杂生物样本中大量高丰度、非磷酸化肽段的存在进一步抑制了磷酸肽的质谱信号,若对生物样品直接进行质谱分析,磷酸肽的检出率较低,因此在质谱检测前,对磷酸化肽段进行相对的分离富集是必不可少的步骤之一。金属氧化物富集法,特别是二氧化钛富集法,由于对磷酸肽富集效果好,且价格低廉,操作简便,是使用最为广泛的磷酸肽富集方法之一。但是由于二氧化钛除了可以吸附磷酸基团,对天冬氨酸(D)及谷氨酸(E)这样的酸性氨基酸也有一定的吸附作用。因而在富集磷酸肽的同时,富含天冬氨酸及谷氨酸残基的非磷酸肽也常常随着磷酸肽一起被富集,对磷酸... 

【文章来源】：中国人民解放军军事科学院北京市

【文章页数】：94 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

样本复杂程度及抑制剂对二氧化钛富集选择性的影响

L/6J 小鼠肝脏磷酸化蛋白质组学各个步骤所需样本量及不可蛋白作为起始上样量。何能在可信度较高的条件多有研究意义数据的基本条图谱数据与数据库对比进中，数据检索参数设置的究中，研究者大多使用同，而鲜有人针对不同的数据数据库检索中的几个重要配数、鉴定蛋白数等进行了据集最佳的数据检索参数设

图 4 母离子质量精度和三种酶切方式组合搜索结果示意图离子质量误差参数的选择母离子质量误差参数与酶切方式最佳组合之后，我们又对行了最优选择。在使用最优母离子质量参数与酶切方式质量误差为 0.1、0.2、0.4、0.6、0.8、1.0 Da 及 1.2 Da 的比较。图 5 为各种子离子设置下的图谱及蛋白鉴定数分到，在 1% FDR、相同的母离子参数设置条件下，0.4、所获得的图谱鉴定数相仿，而在 0.8 Da 的参数设置下鉴多。因此我们选择了相对可以鉴定更多磷酸化蛋白结果差的设置参数。

【参考文献】：
期刊论文
[1]高通量蛋白质组学研究中一种基于GO的蛋白质功能分析策略(英文)[J]. 李栋,荔建琦,欧阳曙光,吴松锋,王建,徐筱杰,朱云平,贺福初.  生物化学与生物物理进展. 2005(11)
[2]利用一种新的网上工具Scansite进行蛋白质磷酸化预测[J]. 唐颖,张令强,贺福初.  生物工程学报. 2004(04)



本文编号：2900693