糖尿病大鼠海马、前额叶皮质、纹状体组织的基因表达谱研究

发布时间：2020-12-16 04:37

　　目的分析糖尿病大鼠脑部认知功能区域的基因表达谱。方法筛选公众数据平台下的基因芯片数据集GSE34451,将组间对比P<0.05,FC>2的基因定义为差异表达基因(DEGs),运用DAVID在线注释平台对差异表达基因进行功能注释,运用medcalc统计软件对基因进行ROC分析。结果在海马、前额叶皮质、纹状体组织中,1型糖尿病(T1DM)及2型糖尿病(T2DM)大鼠均存在的DEGs分别为29个、21个、16个,这些差异基因分别参与了4、3、9个显著性功能条目。与T1DM大鼠相比,T2DM大鼠海马、前额叶皮质、纹状体组织均存在较多差异基因。基因Ftcd及Trim16作为诊断标志物鉴别糖尿病及对照组大鼠具有良好的敏感性及特异性。结论糖尿病大鼠脑部认知功能区域的基因表达谱异常,运用基因芯片能够系统的筛选出疾病相关基因,为糖尿病影响认知功能的机制研究提供实验依据。 

【文章来源】：脑与神经疾病杂志. 2019年10期

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

T1DM、T2DM大鼠三个部位的差异表达基因结果汇总

图1 T1DM、T2DM大鼠三个部位的差异表达基因结果汇总研究把组间对比P < 0.05,FC > 2的基因视为差异表达基因(DEGs),结果显示:与对照组相比,?T1DM大鼠海马组织存在着117个差异表达基因(97基因上调,20基因下调);T2DM大鼠海马组织存在着237个差异表达基因(162基因上调,75基因下调)。?T1DM大鼠前额叶皮质组织存在着89个差异表达基因(21基因上调,68基因下调);T2DM大鼠前额叶皮质组织存在着331个差异表达基因(34基因上调,297基因下调);?T1DM大鼠纹状体组织存在着106个差异表达基因(33基因上调,73基因下调);T2DM大鼠纹状体组织存在着334个差异表达基因(26基因上调,308基因下调),图1A、B分别显示了T1DM、T2DM大鼠三个部位的差异表达基因统计结果。由图可见,在同一类型的糖尿病大鼠中,不同部位的DEGs表达趋势不同:海马组织DEGs大多数呈高表达,前额叶皮质组织与纹状体组织DEGs大多数呈低表达;与此相反,在同一组织部位中,不同糖尿病类型大鼠的DEGs表达趋势相同:两种类型糖尿病大鼠的海马组织DEGs均为上调模式,前额叶皮质组织与纹状体组织DEGs均为下调模式。因此,研究进一步对不同类型糖尿病中表达趋势一致的海马组织DEGs、前额叶皮质组织DEGs与纹状体组织DEGs分别进行了整合,结果显示:T1DM与T2DM大鼠海马组织中存在着29个相同的DEGs(24上调,5下调);T1DM与T2DM大鼠前额叶皮质组织中存在着21个相同的DEGs(1上调,20下调);T1D与T2D大鼠纹状体组织中存在着16个相同的DEGs(5上调,11下调)。图2显示了差异表达基因的聚类分析图。进一步统计显示,差异表达基因Ftcd与Trim16同时存在于T1D与T2D大鼠海马组织、前额叶皮质组织与纹状体组织中,提示Ftcd及Trim16可能在糖尿病大鼠的神经系统病变中发挥了重要作用。

3.ROC分析(表2,图3)运用基因Ftcd表达值鉴别糖尿病与对照组的敏感性、特异性、曲线下面积分别为100.0%、88.9%、0.988,基因Trim16表达值鉴别糖尿病与对照组的敏感性、特异性、曲线下面积分别为100.0%、100.0%、1.000。


本文编号：2919542