筛选SHOX基因保守非编码序列的增强元件

发布时间：2017-05-02 02:04

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【摘要】：目的分析保守非编码元件（Conserved noncoding DNAelements，CNEs）的具体定位、数量及筛选对SHOX(short stature homeoboxcontaining gene)基因具有增强活性的元件。 方法1.比较基因组学分析筛选SHOX基因PRA1所有CNEs；2.构建含有不同CNEs的绿色荧光蛋白质粒；3.将构建好的不同CNEs质粒分别转染HEK293细胞(人胚肾细胞)，提取总RNA；4.用实时定量基因扩增荧光检测系统(Real-time Quantitative PCR Detecting System，QPCR）对各CNE转染细胞后SHOX基因mRNA进行相对定量；5.对QPCR得到的数据进行统计学分析。 结果 1.未转染组（未对细胞进行任何干预，即未转入质粒）与对照组（加入不带CNEs的空质粒）进行比较，P=0.96（0.05），无统计学差异，认为未转染组与对照组之间SHOX基因表达无差异。 2. CNE-4、CNE2、CNE3、CNE4、CNE5、CNE6、CNE7、CNE8、CNE12、CNE13、CNE14、CNE15与未转染组相比得出的P值分别为0.706、0.942、1、1、0.416、0.109、0.416、0.838、1、0.108、0.866、0.932均大于0.05，也就是说CNE-4、CNE2、CNE3、CNE4、CNE5、CNE6、CNE7、CNE8、CNE12、CNE13、CNE14、CNE15与未转染组之间无统计学差异，即以上CNEs干扰细胞后，对SHOX基因的表达量无影响。 3. CNE-5、CNE-3、CNE-2、CNE9、CNE10、CNE11与未转染组比较得出的P值分别为.0001、.0001、.0001、0.015、0.01、0.007均小于0.05，也就是说以上CNE-5、CNE-3、CNE-2、CNE9、CNE10、CNE11六组与未转染组之间存在统计学差异，且该六组SHOX基因表达量高于未转染组。 结论 运用Bootstrap方法进行多样本的两两比较：1.未转染组（未对细胞进行任何干预，即未转入质粒）与对照组（加入不带CNEs的空质粒）进行两两比较，P=0.96（0.05），无统计学差异，认为未转染组与对照组之间无差异。也就是说，质粒对SHOX基因表达量是无任何影响的，排除了质粒本身对细胞的影响，进一步影响SHOX基因的表达；2.CNE-4、CNE2、CNE3、CNE4、CNE5、CNE6、CNE7、CNE8、CNE12、CNE13、CNE14、CNE15与未转染组相比得出的P值分别为0.706、0.942、1、1、0.416、0.109、0.416、0.838、1、0.108、0.866、0.932均大于0.05，同样无统计学差异，也就是说CNE-4、CNE2、CNE3、CNE4、CNE5、CNE6、CNE7、CNE8、CNE12、CNE13、CNE14、CNE15与未转染组之间SHOX基因表达无差异，即以上CNEs干扰细胞后，对SHOX基因的表达量无影响；3.CNE-5、CNE-3、CNE-2、CNE9、CNE10、CNE11与未转染组比较得出的P值分别为.0001、.0001、.0001、0.015、0.01、0.007均小于0.05，也就是说以上CNE-5、CNE-3、CNE-2、CNE9、CNE10、CNE11六组与未转染组之间存在统计学差异，且该六组SHOX基因表达量高于未转染组，因此认为以上六组（CNE-5、CNE-3、CNE-2、CNE9、CNE10、CNE11）对SHOX基因的表达具有增强作用，可作为增加子或者顺式调控结合位点对SHOX基因进行远距离调控。
【关键词】：矮小同源盒基因（SHOX基因） 保守非编码元件（CNEs） 绿色荧光蛋白质粒 实时定量基因扩增荧光检测系统（QPCR）
【学位授予单位】：重庆医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R346
【目录】：

• 英汉缩略语名词对照5-6
• 摘要6-9
• ABSTRACT9-12
• 前言12-14
• 1 方法14-33
• 2 结果33-37
• 3.讨论37-40
• 4 结论40-42
• 全文小结42-43
• 参考文献43-47
• 文献综述47-55
• 参考文献51-55
• 致谢55-56
• 攻读硕士学位期间发表学术论文情况56-57

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