基于隐马尔可夫模型对原核生物编码序列的识别

发布时间：2017-05-21 20:13

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【摘要】：目的探讨隐马尔可夫模型在大肠杆菌编码序列识别中的应用,为生物信息挖掘、致病位点研究提供方法参考。方法对大肠杆菌训练集数据进行训练建模,并对测试序列进行识别,用特异度、灵敏度以及精确度三个指标进行评价。结果利用本试验的方法识别编码序列的灵敏度为73.33%,特异度为67.78%,精确度为70.56%。结论隐马尔可夫模型能很好地模拟离散状态间的转换,适用于识别有状态转移、线性序列的数据。
【作者单位】： 山西医科大学卫生统计教研室;
【关键词】： 隐马尔可夫模型 编码区序列识别 大肠杆菌
【基金】：国家自然科学基金资助项目(31071156)
【分类号】：Q93;Q78
【正文快照】： 随着2003年人类基因组测序的完成,快速、准确的基因注释对进一步识别基因,解释生命的起源和进化等具有重要的意义[1]。基因注释包括识别出基因序列中的启动子、编码区、调控区等区域以及其他一些未被发现的功能片段,其关键问题是找出基因组中所有的基因,即基因识别过程[2]。其

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 罗泽举;李艳会;宋丽红;朱思铭;;基于隐马尔可夫模型的DNA序列识别[J];华南理工大学学报(自然科学版);2007年08期

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 马宝山;朱义胜;;基于隐马尔科夫模型的基因预测算法[J];大连海事大学学报;2008年04期

2 杨王黎;许少华;;利用条件随机场实现DNA剪接位点的预测[J];重庆大学学报;2010年10期

3 侯颖;;盐酸左氧氟沙星注射液发生的不良药物反应分析[J];安徽医药;2013年02期

4 宁永成;侯代文;;递推的贝叶斯估计方法[J];四川兵工学报;2013年10期

5 娄培安;陈培培;余加席;张雷;张宁;张盼;;徐州市居民空腹血糖异常危险因素分析[J];中华疾病控制杂志;2011年03期

6 马宝山;朱义胜;陈玉珍;;用多种统计特征识别基因序列[J];计算机工程与应用;2009年29期

7 王洪波;荣岩;罗贺;王晓佳;;基于流形学习的DNA序列数据挖掘方法研究[J];合肥工业大学学报(自然科学版);2014年08期

8 陈军霞;刘紫玉;;基于Baum-Welch算法HMM模型的孤词算法研究[J];河北科技大学学报;2015年01期

9 苏鹏;程健;;DHMM在机械设备音频识别中的应用[J];计算机工程与应用;2015年01期

10 苏z延，

本文编号：384704