高通量测序技术分析肺结核患者和潜伏感染者PBMC基因表达谱差异

发布时间：2017-05-27 08:13

  本文关键词：高通量测序技术分析肺结核患者和潜伏感染者PBMC基因表达谱差异，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：肺结核是由结核分枝杆菌引起的呼吸道传染性疾病，是目前全球造成死亡人数最多的单一传染病。我国是世界上结核疫情最严重的国家之一，每年死亡人数达13万。潜伏感染者虽在感染结核杆菌后一段时间不发病，但是若不治疗发病风险有5%～10%，并且新发现的肺结核85%～90%由潜伏感染者演变而来的，当今鉴定潜伏感染者也没有统一的标准。肺结核易合并其他疾病如HIV，结核杆菌耐药菌株的出现，造成了肺结核的鉴定和治疗困难，以往方法的局限性也日益凸显，因此寻求新的鉴定和治疗方法刻不容缓。 本研究应用目前最先进的高通量测序技术对PTB肺结核，，LTBI潜伏感染者，HC健康对照三种样本测序，研究样本之间PBMC表达谱的差异，目的在于筛选诊断标识基因和药物靶向作用的位点基因。所采用的研究方法是分离三类样本的PBMC，提取总RNA，并制备cDNA文库，进行桥式PCR扩增，再用IlluminaGenomeAnalyzerIIx测序仪进行深度测序，再结合生物信息方法分析三类人群基因表达谱的差异。具体的结果如下： 测序产生的原始数据经过滤，比对，注释后得到：肺结核样本36390类标签，12270个基因；潜伏感染者样本33066类标签，1200个基因；健康对照样本35009类标签，12240个基因。 按照FDR≤0.001，|log2Ratio|≥1的标准初步筛选出的差异基因为：PTBvsHC上调基因1601个，下调基因1469个；LTBIvsHC上调基因1304个，下调基因1802个；LTBIvsHC上调的基因1304个，下调的基因1802个。将|log2Ratio|的筛选标准按照实际情况扩大后，筛选出了差异极其显著的基因如CXCR4，TWIST2，TYROBP，OSM,NFIL3，LILRB2，IL8，CXLC5，EGR1等。并且差异基因主要位于细胞莫内，起着连接作用，主要参与生物代谢过程，在趋化因子信号通路，MAPK信号通路，自然杀伤细胞介导的毒性通路，T细胞受体信号通路中起着重要的作用。
【关键词】：肺结核 潜伏感染者 PBMC 高通量测序技术 表达谱
【学位授予单位】：华南理工大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：R378.911;R3411
【目录】：

• 摘要5-6
• ABSTRACT6-11
• 第一章 绪论11-20
• 1.1 肺结核简介及目前国内外研究现状11-15
• 1.1.1 肺结核病原学11-12
• 1.1.2 肺结核流行病学12
• 1.1.3 肺结核发病过程及临床表现12-13
• 1.1.4 肺结核的诊断方法13-14
• 1.1.5 肺结核治疗及预防措施14-15
• 1.2 肺结核潜伏感染简介15-16
• 1.3 我国肺结核研究现状16-17
• 1.4 新一代高通量RNA测序技术的介绍17-18
• 1.5 本课题研究的意义和内容18-20
• 第二章 mRNA测序样品的制备和文库的确立20-22
• 2.1 病人和标本的收集20
• 2.2 分离血液标本的 PBMC 1020
• 2.3 测序20-21
• 2.4 本章小结21-22
• 第三章 数据处理和基础分析22-27
• 3.1 基础数据分析22-23
• 3.1.1 高通量测序数据的序列标签（tag）分析22
• 3.1.2 基因表达量分布分析22-23
• 3.2 结果与讨论23-25
• 3.2.1 检测到的基因数量分析23-25
• 3.2.2 基因表达量分布讨论25
• 3.3 本章小结25-27
• 第四章 PTBvsHC差异基因筛选和分析27-37
• 4.1 PTBvsHC差异基因的筛选27-29
• 4.2 PTBvsHC差异基因GO功能富集性分析29-31
• 4.3 PTB vs HC差异基因KEGG Pathway代谢通路分析31-32
• 4.4 PTB vs HC筛选的差异基因结果讨论32-36
• 4.4.1 PTB vs HC显著上调基因讨论33-34
• 4.4.2 PTB vs HC显著下调基因讨论34-35
• 4.4.3 PTB vs HC差异基因GO功能富集性分析讨论35
• 4.4.4 PTB vs HC差异基因KEGG代谢通路分析讨论35-36
• 4.5 本章小结36-37
• 第五章 LTBI vs HC差异基因筛选和分析37-47
• 5.1 LTBI vs HC差异基因的筛选37
• 5.2 LTBI vs HC差异基因GO功能富集性分析37-41
• 5.3 LTBI vs HC差异基因KEGG Pathway代谢通路分析41
• 5.4 LTBI vs HC筛选的差异基因结果讨论41-45
• 5.4.1 LTBI vs HC显著上调基因讨论42-43
• 5.4.2 LTBI vs HC显著下调基因讨论43-44
• 5.4.3 LTBI vs HC差异基因GO功能富集性分析讨论44-45
• 5.4.4 LTB vs HC差异基因KEGG代谢通路分析讨论45
• 5.5 本章小结45-47
• 第六章 LTBI vs PTB差异基因筛选和分析47-55
• 6.1 PTB vs LTBI差异基因的筛选47
• 6.2 LTBI vs PTB差异基因GO功能富集性分析47-48
• 6.3 PTB vs LTBI差异基因KEGG Pathway代谢通路分析48-51
• 6.451-54
• 6.4.1 LTBI vs PTB显著上调基因讨论51-52
• 6.4.2 LTBI vs PTB显著下调基因讨论52
• 6.4.3 LTBI vs PTB差异基因GO功能富集性分析讨论52-53
• 6.4.4 LTB vs PTB差异基因KEGG代谢通路分析讨论53-54
• 6.5 本章小结54-55
• 第七章 PTB vs LTBI vs HC55-59
• 7.1 PTB vs LTBI vs HC的聚类分析55-56
• 7.2 本章小结56-59
• 结论与展望59-61
• 1. 结论59
• 2. 展望59-61
• 参考文献61-68
• 攻读硕士学位期间取得的研究成果68-69
• 致谢69-70
• 附件70

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 刘丽红,孙晶,施秀琴,曹峰林;HLA与结核病相关性研究[J];哈尔滨医药;2001年01期

2 翟景南;张明霞;张洁云;邱振纲;陈骑;朱秀云;陈心春;;肺结核患者血浆和胸水中抑瘤素-M检测及临床意义[J];临床肺科杂志;2012年04期

3 宫Z

本文编号：399315