基于ISC-SVR方法预测Th细胞表位

发布时间：2017-06-13 07:07

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【摘要】：外源性抗原蛋白被抗原提呈细胞(APC)摄取送入溶酶体中被降解为长度不一的肽段.在HLA-DM分子辅助下,MHC II类分子相关恒定链多肽(class II-associated invariant chain peptide,CLIP)从MHC II类分子的肽结合槽解离,使得外源性抗原降解的肽段进入MHC II类分子空的肽结合槽中,形成稳定的抗原肽-MHC II类分子复合物.之后再被提呈到APC细胞表面供CD4+Th细胞的TCR识别,激活Th细胞分泌细胞因子,促进CTL细胞特异性杀伤靶细胞或辅助B细胞产生抗体.Th细胞的活化对机体的细胞免疫和体液免疫功能都有重要的辅助作用.本工作基于迭代自洽策略与支持向量回归机(ISC-SVR)方法建立了MHC II类分子与外源性抗原肽结合亲合力预测模型,采用13mer扩展核心结合序列可以提高预测模型的性能,分别按照均值法、最大值法、结合法、加权平均值法4种方法计算MHC II类分子与抗原肽的结合亲合力值.对17种MHC II类分子配型进行了回归分析,与其他预测模型相比较,本工作模型都得到了最佳AUC值.最后,以HLA DRB1*0101分子为例,分析讨论了MHC II类分子与抗原肽的结合特异性.
【作者单位】： 大连理工大学高科技研究院;
【关键词】： T细胞 表位 外源性抗原 MHCII类分子 支持向量回归机
【分类号】：R392
【正文快照】： 1引言T细胞是重要的免疫细胞之一,它的主要作用是介导特异性免疫应答,调节机体的免疫功能.外周成熟的T细胞实际上是由异质性群体构成的,按功能不同可分为辅助性T细胞(helper T cell,Th)、细胞毒性T细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)和抑制性T细胞(suppressor T cell,Ts).CD4+

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 董素梅;宋哲;刘涛;朱鸣华;刘伟;;应用独立成分分析方法预测CTL表位[J];化学学报;2010年18期

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前9条

1 王莉,吴玉章;MART-1HLA-A2限制性CTL表位的预测[J];第三军医大学学报;2000年10期

2 徐云升,郝飞,吴玉章,林治华,贾正才,郝进;HPV16E7抗原HLA-A2限制性CTL表位预测及其合成[J];免疫学杂志;2003年02期

3 薛付忠,王洁贞,胡平,郭亦寿,李国荣;中国多表位疫苗设计的HLA-Ⅰ积累表型频率空间预测系统(英文)[J];免疫学杂志;2005年02期

4 鲁梅花,邵文硕;北方汉族Grave病与HLA相关性研究[J];首都医科大学学报;2000年02期

5 ;Induction of the Epstein-Barr Virus Latent Membrane Protein 2 Antigen-specific Cytotoxic T Lymphocytes Using Human Leukocyte Antigen Tetramer-based Artificial Antigen-presenting Cells[J];Acta Biochimica et Biophysica Sinica;2006年03期

6 胡磊,乔立安,公衍道,赵南明;利用支持向量机预测II类MHC分子结合多肽[J];生物物理学报;2001年04期

7 王昆;张沅;孙东晓;;部分中国黄牛BoLA-DRB_3基因序列分析[J];畜牧兽医学报;2008年07期

8 孙玉英,孔繁华,奚永志;MHC结构与功能的研究进展[J];中国实验血液学杂志;2000年03期

9 王月丹,陈慰峰;免疫信息学[J];自然科学进展;2004年10期

中国博士学位论文全文数据库 前10条

1 李书艳;单点氨基酸多态性与疾病相关关系的预测及其机制研究[D];兰州大学;2010年

2 杨磊;HLA-A、HLA-B、HLA-DRB1等位基因多态性与中国北方汉族肺癌患者遗传易感相关性的研究[D];北京市结核病胸部肿瘤研究所;2011年

3 韩秀萍;中国北方汉族皮肌炎/多发性肌炎与HLA-Ⅰ、Ⅱ类等位基因相关性研究[D];中国医科大学;2002年

4 徐云升;HPV16E7抗原HLA-A2限制性CTL表位鉴定及其分子修饰的实验研究[D];第三军医大学;2003年

5 朴文花;MHC-肽四聚体的构建及临床初步应用[D];延边大学;2004年

6 王宝梅;SARS冠状病毒S蛋白HLA-A～*0201限制性CD8～+T淋巴细胞表位的鉴定[D];第二军医大学;2004年

7 任育红;新型重组别藻蓝蛋白亚基的表达和生物活性的初步研究[D];中国科学院研究生院（海洋研究所）;2005年

8 薛付忠;人类群体遗传空间结构异质性理论与定量分析方法研究[D];山东大学;2005年

9 吴昌平;相关共刺激分子在胃癌组织中的表达及其临床意义[D];苏州大学;2005年

10 樊卫平;WT1肽疫苗体外及小鼠体内抗瘤效应的研究[D];山西医科大学;2006年

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 杨振;;丙型肝炎病毒T细胞模拟表位的研究及应用[J];中国预防医学杂志;2009年10期

2 王虎承;计算机算法结合实验技术进行T细胞表位筛选[J];重庆工商大学学报(自然科学版);2005年03期

3 王平忠;汉坦病毒核衣壳蛋白T细胞表位研究进展[J];国外医学.流行病学.传染病学分册;2002年05期

4 徐冰;抗体-肽结合疫苗[J];国外医学.预防.诊断.治疗用生物制品分册;1995年06期

5 王健;hCG抗生育疫苗的研究进展[J];国外医学.计划生育分册;1996年04期

6 王新军,张兆松,李光富,王勇,刘丰,季e鹲

本文编号：445968