淋病奈瑟菌外膜蛋白PorB二级结构及其B细胞和T细胞表位分析

发布时间：2017-06-14 00:08

  本文关键词：淋病奈瑟菌外膜蛋白PorB二级结构及其B细胞和T细胞表位分析，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的分析淋病奈瑟菌外膜蛋白PorB的二级结构及其潜在的优势B细胞和T细胞抗原表位。方法应用在线工具TMHMM对PorB全长氨基酸序列进行跨膜区域分析,利用EXPASY服务器上的GOR4和SOPMA工具预测PorB的二级结构,通过DNAStar软件Protean模块的Karplus-Schulz、Kyte-Doolittle、Emini方法和Jameson-Wolf方法分析PorB蛋白的柔韧性、亲水性、表面可及性和抗原性,以综合预测其优势B细胞表位。选择常见的HLA基因型,并兼顾小鼠H2-Ed、Ek限制性,利用SYFPEITHI软件以多肽氨基酸是否为锚定残基、辅助残基或优势残基进行记分,选择得分高的肽段作为候选T细胞表位,采用NetMHC-Ⅱ软件以肽段分子与MHC分子的亲和力为依据,判断肽段的抗原性,综合SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ软件分析结果以确定T细胞抗原表位存在的可能区域。结果 PorB蛋白的N端第1-20氨基酸为跨膜区,第20以后的氨基酸则位于膜外;PorB的二级结构以无规则卷曲为主,亦可见α螺旋和β折叠;根据其柔韧性、亲水性、表面可及性和抗原性特征综合分析,PorB优势B细胞表位可能存在于氨基酸序列N端的第165-175,195-206,236-243,275-282肽段;SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ软件预测出T细胞优势表位可能位于第18-32、126-142和186-200肽段。结论应用生物信息学方法分析PorB蛋白的T细胞和B细胞优势表位可能分别是第18-32、126-142和186-200肽段,165-175,195-206,236-243,275-282肽段,为淋球菌表位疫苗的研制提供了思路和理论依据。
【作者单位】： 大理学院基础医学院病原生物学综合实验室;
【关键词】： 淋病奈瑟菌 ProB蛋白 T细胞表位 B细胞表位 生物信息学
【基金】：云南省科技厅科学研究基金项目(No.2009ZC123M)
【分类号】：R378.16
【正文快照】： ***II software.Conclusion T and B cell epitopes of PorB protein were analyzed by means of a bioinformatics approach.Tcell epitopes are possibly present at amino acids 18-32,126-142,and 186-200and B cell epitopes are possibly presentat amino acids 165-175

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前9条

1 李王霞;宁勇;沈钢;刘光箭;强文;邹洁;;湖北骨髓库志愿者HLA-DRB1~*04等位基因及单体型分布研究[J];中国输血杂志;2011年08期

2 刘月;张宇飞;张亚坤;孙晓林;刘淑英;;绵羊肺腺瘤病毒NM株囊膜蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位预测[J];动物医学进展;2013年01期

3 李王霞;宁勇;沈钢;吴剑媚;朱远雁;刘光箭;邹洁;强文;;中华骨髓库湖北分库志愿者HLA-A*02亚型基因多态性分析[J];中国免疫学杂志;2011年01期

4 杜杰;尹惠琼;杨姝;马玉媛;韦平;章金刚;;蓝舌病病毒VP7蛋白的B细胞表位预测[J];中国动物传染病学报;2013年01期

5 孙燕妮;王一松;王海霞;平国玲;王u&民;张力平;;潜伏期结核分枝杆菌HLA-A~*0201限制性CD8~+CTL表位的高通量筛选[J];中国病原生物学杂志;2013年01期

6 伍慧妍;何颖;许晨霞;刘雪婷;张俊艳;王珊;邹泽红;陶爱林;;牡蛎过敏原Crag1的二级结构及其B细胞和T细胞表位分析[J];中国医药导报;2013年19期

7 林巧爱;董海艳;朱珊丽;薛向阳;;解脲支原体3血清型和14血清型多带抗原B细胞表位预测[J];中国人兽共患病学报;2013年11期

8 侯玲俐;杨宏伟;吕军;张吉才;曹峰;朱名安;;多重耐药淋病奈瑟菌耐药基因研究[J];湖北医药学院学报;2014年03期

9 陈春雷;朱美英;潘亚元;;临床分离淋病奈瑟菌抗生素耐药性观察[J];中国消毒学杂志;2014年08期

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前5条

1 李辉文;何韦韦;谭文婷;王莉;陈晓玲;邓国宏;;HLA-DRB1 *0803与HLA-DRB1 *0901等位特异性HBcAg表位肽的筛查与鉴定[J];第三军医大学学报;2015年09期

2 张瑜;冯娟;雍军;孙捷;张华;;H2-Ab1基因在变应性鼻炎小鼠鼻黏膜中表达的研究[J];临床耳鼻咽喉头颈外科杂志;2014年05期

3 李文娟;宝音;王霞;张峰;章乐;吴芳;吴江东;庄睿;邬博;梁晨;樊超;张春军;张辉;张万江;;耐药结核分枝杆菌PhoPR双组分系统基因表达的研究[J];中国病原生物学杂志;2014年04期

4 王海霞;孙燕妮;王u&民;赵亭;平国玲;张力平;;结核分枝杆菌Rv0440 CTL表位肽的免疫原性研究[J];中国人兽共患病学报;2014年05期

5 白雪娟;赵亚静;梁艳;吴雪琼;;结核潜伏感染蛋白Rv1737cB细胞、CTL及Th表位预测与分析[J];实用临床医药杂志;2015年03期

中国硕士学位论文全文数据库 前3条

1 郑仲征;HLA样品信息管理系统设计与实现[D];云南大学;2012年

2 黄榕芳;软体类海产品主要过敏原的基因克隆及生物信息学分析[D];中国海洋大学;2014年

3 张瑜;129Sv小鼠实验性变应性鼻炎模型的构建及H2-Eb1基因在变应性鼻炎小鼠鼻黏膜中表达的实验研究[D];新疆医科大学;2014年

【二级参考文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 程良红,金士正,高素青,李桢,邹红岩,王大明,吴国光;中国南北汉族人群HLA-A*02等位基因的分布差异[J];第一军医大学学报;2005年03期

2 任素萍;HLA-A2分子生物学研究进展[J];国外医学(分子生物学分册);1999年03期

3 兰宝霞;;淋球菌耐药研究进展[J];河北医学;2010年04期

4 张凌晶;蔡秋凤;刘光明;曹敏杰;;太平洋牡蛎肌肉蛋白的模拟胃肠液消化研究[J];集美大学学报(自然科学版);2011年02期

5 李伍举,应晓敏;BioSun:计算机辅助分子生物学实验设计的软件系统[J];军事医学科学院院刊;2004年05期

6 吴玉章,朱锡华;A new approach for B-cell epitope prediction in viral proteins[J];Chinese Science Bulletin;1995年09期

7 郑小莉;张艺;谢晓东;罗波;刘佳佳;;鼠Mincle蛋白B细胞抗原表位预测及多克隆抗体制备[J];免疫学杂志;2011年08期

8 吴伟华;江红;匡洪宇;;2型糖尿病大血管病变患者人类白细胞抗原-DRB1*04等位基因多态性分析[J];中国全科医学;2007年02期

9 陶小华;关杨;洪福昌;冯铁建;蓝丽娜;;我国淋病奈瑟菌耐药趋势系统分析[J];中国热带医学;2011年02期

10 汪何雅,杨瑞金,王璋;牡蛎的营养成分及蛋白质的酶法水解[J];水产学报;2003年02期

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 甘华田,欧阳钦,李甘地,易智慧,杨秀英;B细胞单克隆形成与幽门螺杆菌感染[J];华西医科大学学报;2000年04期

2 何颖红;赵文珍;杨勇琴;王一心;;磷脂酶Cγ2对自身反应性B细胞的调控作用[J];昆明医科大学学报;2012年06期

3 贾卫;T、B细胞相互作用分子基础的研究进展[J];细胞与分子免疫学杂志;1995年Z1期

4 武丽峰;杨伊姝;陈彦;闫卓红;王爽力;孙闽;张权庚;;BCL10高表达引起脾脏边缘带B细胞抗凋亡而致其体内增生[J];首都医科大学学报;2010年03期

5 吴晓波;;克隆的小鼠白细胞介素-7对B细胞前体有刺激作用[J];生理科学进展;1989年02期

6 颜亮;杨士龙;;人体B细胞可成为艾滋病病毒“帮凶”[J];中国医药指南;2006年09期

7 付嘉;谭岩;方艳秋;熊斌;徐立;;重组人β2糖蛋白1第一结构域二聚体作为抗磷脂抗体综合征B细胞耐受原的初步探讨[J];吉林大学学报(医学版);2009年04期

8 谢珞琨,张秋萍,陈朗,吴春晨,周钢,谭锦泉;IL-2和IL-4联合诱导B细胞死亡受体CCR3的表达及其功能研究[J];中华微生物学和免疫学杂志;2004年07期

9 黄瑾，，赫国志, 李勤;“记忆”和“幼稚”CD4”￣＋T细胞在B细胞产生抗体中的调节作用[J];中国免疫学杂志;1994年05期

10 陈红清;;白细胞介素-7受体连接可刺激人类B细胞前体中的酪氨酸磷酸化、磷脂酰肌醇转换及其克隆增殖[J];国外医学(分子生物学分册);1992年02期

中国重要会议论文全文数据库 前5条

1 黄前荣;高晓明;;钙网蛋白活化B细胞的分子机制研究[A];第六届全国免疫学学术大会论文集[C];2008年

2 杨卓琴;张璇;;具有三个不同时间尺度的电耦合胰腺B细胞模型的组合簇放电[A];第十四届全国非线性振动暨第十一届全国非线性动力学和运动稳定性学术会议摘要集与会议议程[C];2013年

3 朱珊丽;郑丹;欧琴;陈俊;陈韶;张丽芳;;沙眼衣原体主要外膜蛋白T、B细胞多表位基因的表达及其鉴定[A];中国免疫学会第五届全国代表大会暨学术会议论文摘要[C];2006年

4 袁太宁;肖长义;;人乳头瘤病毒外壳蛋白L1的B细胞共同表位短肽疫苗的初步研究[A];第6次全国微生物学与免疫学大会论文摘要汇编[C];2004年

5 李稳霞;李照;高鹏骥;朱继业;;CD4+CD25-T细胞转化为CD4-CD8-双阴性T调节细胞诱导B细胞凋亡的体外研究[A];2012中国器官移植大会论文汇编[C];2012年

中国重要报纸全文数据库 前1条

1 胡德荣;我国揭示NF—κB细胞核内调控新机制[N];中国医药报;2007年

中国博士学位论文全文数据库 前1条

1 赵卓;金黄色葡萄球菌肠毒素B的B细胞免疫优势表位及表位疫苗研究[D];第三军医大学;2014年

中国硕士学位论文全文数据库 前2条

1 梁瑾;一种B细胞构象表位预测方法的建立及初步应用[D];中国农业科学院;2009年

2 梁文;Tfh细胞和B细胞共培养体系与HepG2.2.15细胞相互作用研究[D];重庆医科大学;2012年

  本文关键词：淋病奈瑟菌外膜蛋白PorB二级结构及其B细胞和T细胞表位分析，由笔耕文化传播整理发布。

本文编号：447949