绿脓杆菌外膜蛋白OprF的生物信息学分析

发布时间：2017-07-08 06:09

  本文关键词：绿脓杆菌外膜蛋白OprF的生物信息学分析

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【摘要】：[目的]利用生物信息学方法预测绿脓杆菌外膜蛋白OprF的理化性质、高级结构和细胞表位。[方法]采用在线软件预测OprF蛋白的理化性质;Signal P 4.1软件预测OprF信号肽序列;利用TMHMM软件预测ACFA蛋白跨膜结构;SOPMA服务器预测蛋白的二级结构;Swiss-Model程序预测OprF三维结构;综合ABCpred与Bepi Pred方案预测OprF的B细胞表位;运用神经网络法预测OprF的CTL表位;使用MHC-Ⅱ类分子结合肽程序预测OprF的Th细胞表位。[结果]OprF为亲水性蛋白;1~24位氨基酸为信号肽序列;存在多个酶切位点;无跨膜结构并定位于细胞膜外;二级结构中含无规则卷曲34.36%、α-螺旋31.90%、β-转角11.66%、β-片层22.09%;并可能存在3个B细胞表位、2个CTL表位、4个Th细胞表位。[结论]系统分析了OprF蛋白的理化性质、信号肽、跨膜结构、二级与三级结构,以及B、T细胞抗原表位。
【作者单位】： 陕西理工学院生物科学与工程学院;
【关键词】： 绿脓杆菌 OprF蛋白 细胞表位 蛋白结构 预测
【基金】：陕西省教育厅科学研究计划项目(“骨硬化蛋白在股骨头坏死症中的作用研究”,No.2013JK0723) 陕西理工学院人才引进项目(“人体共生大肠埃希菌与肠道细胞相互作用蛋白研究”,SLGQD13-15)资助
【分类号】：R378;Q811.4
【正文快照】： 0引言绿脓杆菌(Pseudomonas aeruginosa)又名铜绿假单胞菌,分布广泛,在人和动物的皮肤、呼吸道和肠道等都有该菌存在,是医院感染的常见菌,也是一种人畜共患病原菌。在机体免疫力下降、重大疾病创伤及烧伤后,容易诱发感染,甚至导致感染性休克[1-2]。目前,绿脓杆菌的治疗主要是

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前4条

1 陈春琳;刘祥;王成富;王令;俱雄;张涛;吴三桥;张晓娟;;重组铜绿假单胞菌外膜蛋白OprI的原核表达及多克隆抗体制备[J];生物技术;2015年01期

2 熊伟;杨勇琴;张海洋;徐彤;张晓娟;余敏;;人MTERF4基因cDNA的克隆及编码蛋白质的生物信息学分析[J];生物技术;2015年01期

3 孙晶;薛壮;;斑马鱼过氧化物还原酶的生物信息学分析[J];生物技术;2015年01期

4 李章球;胡海燕;刘顺会;张梅霞;陆志刚;;生物信息学预测GPIIb/IIIa抗体CTL、Th的混合表位[J];中国组织工程研究与临床康复;2009年04期

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前9条

1 何焱;郝永清;;牛源金黄色葡萄球菌FnbpA-A基因克隆及抗原表位预测[J];中国畜牧兽医;2014年05期

2 刘嫒;杨钰;鲜思美;刘宗胜;吴健;罗波;陈永翠;;羊口疮病毒贵州株F1L基因克隆及生物信息学分析[J];中国畜牧兽医;2015年01期

3 邱进杰;张素辉;沈克飞;徐登峰;卢茵;;重庆地区山羊羊口疮病毒的PCR鉴定分析[J];黑龙江畜牧兽医;2014年05期

4 刘祥;;小鼠骨形成蛋白BMP3的原核表达及多克隆抗体制备与鉴定[J];华北农学报;2015年03期

5 刘祥;俱雄;陈春琳;;重组大肠埃希菌外膜蛋白OmpT的载体构建和表达条件优化及多克隆抗体制备[J];湖南农业大学学报(自然科学版);2015年04期

6 陈春琳;俱雄;万健;刘祥;;革兰阴性菌外膜蛋白A研究进展[J];生物技术;2014年02期

7 陈春琳;刘祥;王成富;王令;俱雄;张涛;吴三桥;张晓娟;;重组铜绿假单胞菌外膜蛋白OprI的原核表达及多克隆抗体制备[J];生物技术;2015年01期

8 陈春琳;刘祥;俱雄;;重组绿脓杆菌外膜蛋白OprF的表达、纯化及多克隆抗体制备与鉴定[J];生物技术通报;2015年08期

9 黄华泥;黄智明;徐五星;邱立东;;2011-2013年铜绿假单胞菌临床分离株的耐药性变迁分析[J];中华医院感染学杂志;2015年19期

中国博士学位论文全文数据库 前1条

1 邵洪泽;羊传染性脓疱病毒FIL基因克隆表达及分子生物学检测方法的建立与初步应用[D];吉林农业大学;2013年

中国硕士学位论文全文数据库 前2条

1 杨勤;铜绿假单胞菌外膜蛋白F与HSV-1 VP22融合基因真核表达质粒的构建与表达[D];川北医学院;2014年

2 钟皓成;铜绿假单胞菌肺炎治疗和预后的临床研究[D];浙江大学;2013年

【二级参考文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 ;PIKA as an Adjuvant Enhances Specific Humoral and Cellular Immune Responses Following the Vaccination of Mice with HBsAg plus PIKA[J];Cellular & Molecular Immunology;2007年02期

2 陈婷;万瑛;汤旭东;房殿春;余松涛;熊震;罗元辉;杨仕明;;人肿瘤转移相关抗原肝素酶HLA-A2.1限制性CTL表位的预测及初步鉴定[J];第三军医大学学报;2007年22期

3 刘安定;杨燕;李方和;陆蒙吉;龚非力;杨东亮;;人宫颈癌基因蛋白B细胞表位及其HLA限制性细胞毒性T细胞表位预测分析[J];第四军医大学学报;2007年14期

4 樊慧珍,黄文杰,梁昆,方怡,马立人,刘耀清;铜绿假单胞菌oprI基因的反向斑点杂交检测法[J];第一军医大学学报;2004年03期

5 宋帅;李春玲;贾爱卿;杨冬霞;李淼;;抗原表位研究方法进展[J];动物医学进展;2010年12期

6 赵魁;贺文琦;高丰;;羊传染性脓疱皮炎病毒研究进展[J];中国畜牧兽医;2008年11期

7 陈晓勇;敦伟涛;赵兴波;;哺乳动物线粒体基因组转录及其调控机制[J];中国草食动物科学;2013年02期

8 熊伟;张海洋;杨红娟;杜亚曼;;哺乳动物细胞线粒体基因组的转录及调控机制研究进展[J];大理学院学报;2014年08期

9 孙涛;程安春;汪铭书;;蛋白质B细胞抗原表位测定方法的研究进展[J];黑龙江畜牧兽医;2008年07期

10 朱宇皇;高艳锋;吕虹;祁元明;;结核分枝杆菌抗原Rv1258c、Rv1410c及Rv3425的HLA限制性CTL表位预测[J];郑州大学学报(医学版);2011年01期

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本文编号：533270