北京地区分离的对氨基水杨酸耐药结核分枝杆菌的分子特征分析

发布时间：2017-08-08 06:12

  本文关键词：北京地区分离的对氨基水杨酸耐药结核分枝杆菌的分子特征分析

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【摘要】：结核病是全球公共卫生的重大威胁,尤其是对发展中国家。中国是全球仅次于印度的结核病高负担国家,根据国家卫生与计划生育委员会发布的2012卫生公报,我国结核病的发病人数是951,508/年,居于法定传染病报告发病数第二位。结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis M. tuberculosis)是引起结核病的主要病原体,属于分枝杆菌属(Mycobacterium)。此外,分枝杆菌属中的非结核分枝杆菌(Non-tuberculosis mycobacterium NTM)也与临床耐药非结核分枝杆菌病的发生密切关联。近年来,耐多药结核(multi-drug resistance TB, MDR-TB,至少对异烟肼和利福平耐药)和广泛耐药结核(extensively-drug resistance, XDR-TB,不仅对异烟肼和利福平耐药,还至少对一种氟喹诺酮类药物及一种注射剂耐药)的流行给结核病防治带来了极大的挑战。对氨基水杨酸(PAS)是治疗MDR-TB的重要的药物,PAS耐药性菌株的出现将会导致治疗失败。本研究以近年来北京地区出现的205株PAS耐药临床分离株为研究对象,利用16S rDNA种属鉴定,间隔区寡核苷酸分子分型以及耐药相关基因(folC, thy A, ribD)型别分析等方法,系统地分析了对氨基水杨酸耐药结核分枝杆菌的分子型别特征。结果显示PAS耐药结核分枝杆菌中约有90%的菌株属于北京基因型,其中有65%的PAS耐药结核分枝杆菌存在耐药相关基因突变现象。同时临床PAS高耐药菌株也与多种NTM感染关联。本研究显示了北京地区PAS耐药结核分枝杆菌的分子特征,揭示临床PAS耐药株主要是由于M. tuberculosis叶酸代谢途径中的关键酶编码基因突变导致。该结果将为临床耐药检测分子生物学诊断产品的开发、分子流行病学研究提供参考。 脑膜炎奈瑟氏菌(Neisseria meningitidis)是世界范围内,引起儿童和青少年流行性脑脊髓膜炎和败血症的主要病原体。脑膜炎奈瑟菌是革兰阴性双球菌,人类是其唯一宿主。在中国,A群脑膜炎奈瑟菌是主要的流行菌株,ST-5在2000年之前是主要流行型别,2000年之后ST-7取代ST-5成为主要的流行型别。获得目前中国流行的A群ST-7型别的脑膜炎奈瑟菌的全基因组序列能够帮助我们了解ST-7的进化背景和流行特征。因此我们对A群ST-7脑膜炎奈瑟菌NMA510612进行了全基因组测序,NMA510612是分离自2006年中国四川省一个细菌性脑膜炎病人的脑脊液。 本研究采用454焦磷酸测序技术(Roche)结合传统的的Sanger测序技术完成了A群NMA510612的全基因组精确图绘制,并对其进行分析。NMA510612的基因组全长2.1Mbp,其GC含量为51.5%,编码2461个蛋白,59个tRNA和4个rRNA。比较基因组研究显示,NMA510612与另一株属于A群的WUE2594高度线性一致。同时,我们发现在NMA510612基因组中的IV分泌系统和Ⅰ型限制性酶存在着多态性区域,从而为进一步的功能研究提供了线索。
【关键词】：结核分枝杆菌 非结核分枝杆菌 菌种鉴定 基因突变 间隔区寡核苷酸分型 脑膜炎奈瑟菌 比较基因组学 功能基因
【学位授予单位】：北京协和医学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R378.911
【目录】：

• 目录3
• 第一部分：北京地区分离的对氨基水杨酸耐药结核分枝杆菌的分子特征分析3-50
• 英文缩写5-6
• 中文摘要6-7
• Abstract7-8
• 综述8-15
• 引言15-18
• 第一部分：实验材料与方法18-29
• 一、实验材料18-20
• 二、实验方法20-29
• 第二部分：实验结果29-37
• 一、PAS耐药临床分离株的种属鉴定29
• 二、PAS耐药结核分枝杆菌的分子型别鉴定(spoligotyping)29-31
• 三、耐药谱分析31-33
• 四、耐药相关基因突变检测33-37
• 第三部分：讨论37-43
• 全文总结43-44
• 参考文献44-50
• 第二部分：A群脑膜炎奈瑟氏菌MMA510612基因组学研究50-68
• 中文摘要50-51
• Abstract51-52
• 引言52-54
• 第一部分：实验材料与方法54-60
• 一、实验材料54-55
• 二、实验仪器55
• 三、实验方法55-60
• 第二部分：实验结果与分析60-65
• 一、NMA510612基因组学概况60-62
• 二、比较基因组学分析62-65
• 全文总结65-66
• 参考文献66-68
• 发表文章68-69
• 致谢69-70

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本文编号：638523