武汉地区分枝杆菌菌种鉴定及分型

发布时间：2017-08-24 00:33

  本文关键词：武汉地区分枝杆菌菌种鉴定及分型

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【摘要】：本研究采用分子生物学的方法对从武汉地区收集到的分枝杆菌临床分离菌株进行菌种鉴定并分类，通过构建它们之间的系统进化树进行同源性分析，为临床上结核病的早期快速准确检测，制定合理的诊断方案，进行有效的化疗提供参考。同时，对收集到的临床分离株中结核分枝杆菌进行基因分型，将有利于了解本地区结核分枝杆菌“北京家族”基因型的流行趋势，进行及时预防和监控。 对武汉地区收集到的111株临床抗酸染色阳性分枝杆菌采用ITS间隔区序列直接测序法进行菌种鉴定，，并对其中鉴定为结核分枝杆菌的菌株进行基因分型，分析武汉地区的“北京家族”基因型流行情况，结果如下： 1，菌种鉴定结果显示：所收集到的111株抗酸染色阳性分枝杆菌临床分离株共可分为三大复合群，即结核分枝杆菌复合群、鸟胞分枝杆菌复合群和脓肿分枝杆菌。其中91株经鉴定为慢生长菌，含54株为结核分枝杆菌MTB，占48.6%(54/111)；34株为胞内分枝杆菌，占30.6%（34/111）；其余3株为鸟分枝杆菌，占2.7%(3/111)。另外的20株为快生长菌，为脓肿分枝杆菌，占18.1%(20/111)。 2，RD105缺失基因扩增法基因分型结果显示：本研究中，54例结核分枝杆菌临床分离株中，45株扩增出786bp片段目的条带，判定为“北京家族”基因型，占83.3%；9株扩增出1466bp和286bp出现目的条带，判定为非“北京家族”基因型，占16.7%。 综上所述：1，ITS和生化方法相结合可将分离株准确鉴定到种的水平，对临床诊断意义重大；2，RD105方法结核分枝杆菌基因分型发现，“北京家族”基因型菌株在本地区呈主要流行趋势。
【关键词】：分枝杆菌 菌种鉴定 ITS间隔区序列 基因分型 “北京家族“基因型
【学位授予单位】：武汉轻工大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R378.91;R440
【目录】：

• 摘要6-7
• Abstract7-8
• 前言8-22
• 1 立题背景依据8-10
• 2. 文献综述10-22
• 2.1 分枝杆菌菌种鉴定的研究进展及现状10-18
• 2.2 结核分枝杆菌基因分型技术的研究进展18-22
• 2.2.1 插入序列 6110 限制性片段长度多态性分型（IS6110-RFLP）19-20
• 2.2.2 间隔区寡核苷酸分型技术（Spoligotyping）20
• 2.2.3 数目可变串联重复序列基因分型技术（VNTR）20
• 2.2.4 RD105 基因分型技术20-22
• 材料与方法22-28
• 1. 实验材料22-24
• 1.1 菌株来源22
• 1.2 主要试剂及耗材22
• 1.3 相关试剂配制22-23
• 1.4 实验仪器和设备23
• 1.5 实验所需引物合成23-24
• 2.实验方法24-28
• 2.1 分枝杆菌生化鉴定及药敏实验24
• 2.2 临床分离株的分子学鉴定24-28
• 2.2.1 基因组 DNA 提取24
• 2.2.2 ITS 序列扩增24-26
• 2.2.3 RD105 区域扩增26-28
• 结果与分析28-37
• 1. 分枝杆菌 ITS 序列菌种鉴定及系统进化树构建28-35
• 1.1 分枝杆菌 16S-23S rRNA ITS 序列扩增结果28-29
• 1.2 分枝杆菌 16S-23S rRNA 间隔区序列同源性序列比对及进化树构建29-35
• 1.2.1 鸟胞分枝杆菌 16S-23S rRNA 序列构建系统进化树及相似性分析32-34
• 1.2.2 结核分枝杆菌菌种 16S-23S rRNA 序列构建系统进化树及相似性分析34-35
• 2. 结核分枝杆菌 RD105 基因分型35-37
• 结论与讨论37-39
• 1. 分枝杆菌的菌种鉴定及系统进化树构建讨论37
• 2. RD105 基因分型讨论37-39
• 参考文献39-44
• 致谢44-45
• 英文对照45

【参考文献】

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本文编号：728205