DNA甲基化调控rs2200733与心房颤动相关性的初步观察

发布时间：2020-04-14 05:41

【摘要】：背景经典遗传学认为某些单核苷酸多态位点(single nucleotide polymorphisms,SNPs)与房颤具有强相关性,例如rs2200733,但其分子机制还不清。此外,大量研究已经报道了表观遗传学可能参与SNPs与表型关系的调控,例如DNA甲基化,但其与房颤的相关性报道罕见。通过查阅文献,未发现有关于rs2200733位点附近DNA甲基化与房颤的相关报道。目的探索rs2200733在中国中原地区汉族人群中对房颤的影响,以及位于rs2200733下游的两个CpG位点的甲基化程度是否与该SNP位点具有相关性。方法在郑州市第七人民医院心血管内科从2016年9月至2017年6月的住院患者中筛选出238名患者,分为房颤组和窦律组。对所有患者采集外周静脉血并提取DNA,使用突变阻滞扩增系统(amplification refractory mutation system,ARMS)法对rs2200733进行基因分型。在上述分组中随机选择57例房颤患者和110例窦律患者,进行重亚硫酸氢盐处理和焦磷酸测序。全部病人的相关临床资料从医院病历中获取。结果病人的临床资料分析显示其性别、年龄、冠心病(CAD)、糖尿病(DM)、脑卒中、左房内径(LAD)和左室射血分数(LVEF)对房颤有影响。经由卡方检验发现在五个遗传模型中,rs2200733与房颤具有明显的相关性,尤其是在隐性模型中(OR:2.396,95%CI:1.336 to 4.297,P=0.003)。利用在线基因型分析软件SNPStats,经过校正性别、年龄、CAD、DM、脑卒中、LAD和LVEF后仍然发现在隐性模型中,SNP在房颤组和窦律组存在显著差异(OR:4.75,95%CI:2.07 to 10.91,pSNP0.0056)。通过甲基化实验,检测到CpG_1和CpG_2均高度甲基化。根据二元logistic回归分析的结果,发现上述两个位点与rs2200733不相关,即对房颤没有影响(P0.025)。结论在中国中原地区汉族人群中,rs2200733的分布与该位点在亚洲其他人群中的分布相一致,并且rs2200733和房颤具有相关性。位于rs2200733下游的CpG_1和CpG_2位点的DNA甲基化与该SNP无相关性,并可能没有参与到SNP对房颤的调控机制当中。
【图文】：

以及两个位点CpG1，CpG2和PITX2 (Paired like homeodomain-2)基因之间的位置关系（图1）。PITX2 基因距离 rs2200733 大约 150 kb。CpG1和 CpG2分别位于 rs2200733 位点下游 145 bp 和 177 bp 处，，是距离该 SNP 最近的两个 CpG 位点。图 1 在染色体 4q25 上 rs2200733, CpG1, CpG2和 PITX2 基因的位置关系Figure 1 The position relations between rs2200733, CpG1, CpG2and PITX2 in chromosome 4q252.3 基因分型2.3.1 ARMS 法原理突变阻滞扩增系统(amplification refractory mutation system，ARMS)是 SNP 分型

图 2 房颤组样本 PCR 产物电泳结果图Figure 2 Electrophoresis results of PCR products in AF group.图 3 窦律组样本 PCR 产物电泳结果图Figure 3 Electrophoresis results of PCR products in SR group经过 ABI3500XL 测序仪测序后，应用 Chromas 软件对测序图进行分析。测序显示为反义互补链，找到对应的 rs2200733 位点处，在野生型纯合子的目的 DNA 序列上显示为 G（图 4），突变型纯合子的目的 DNA 序列上显示为 A（图 5），杂合子的两个目的 DNA 序列分别显示为 G 和 A（图 6、图 7）。
【学位授予单位】：新乡医学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R541.75

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本文编号：2626949