转座事件引发的重组可以在不同的时空发生
发布时间：2021-01-19 22:24
二倍体水稻基因组上存在大量的转座元件序列,本研究利用生物信息学方法,将已获得的日本晴、93-11水稻的三组水稻全基因组序列进行比对,利用RESite方法在三组数据的差异性片段中筛选出具有微小倒置重复序列元件（miniature inverted-repeat transposable element,MITE）序列结构的 334 候选序列,选用水稻花药培养的手段应用转座子显示技术证明了单拷贝序列UC23、UC30、UC35单拷贝序列具有潜在的转座活性。又通过放宽筛选生物信息学的方法,重计算了存在于三组水稻全基因组序列中基因区内的差异MITE序列群,得到了一个大容量的候选MITE序列集合;在籼稻、粳稻和野生稻中比较了同源基因座位上同一转座元件的序列组成结构的多态性,获取了转座后发生重组事件的时空特征信息,证明了转座事件引发的重组可以在不同的时空发生。
【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：82 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２转座后重组的示意图??Ｆｉｇｕｒｅ?２?Ｔｈｅ?ｒｅａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔ?ａｆｔｅｒ?ｔｒａｎｓｐｐｏｓｉｔｉｏｎ??
但是在不同的物种的基因组上含量并不相同，甚至有较大的区别，随着许多植物??基因组测序的完成，研究发现转座元件在基因组上的含量与其基因组的大小有一??定的正相关性，目前在已经完成基因组测序的物种（图１．２）拟南芥ＱｒａｈＷｏ／ｗｂ??短花药野生稻桃（／Ｖｗｍ／ｓ／ｊｅｎ＇／ｃｆｌ）白菜??ｒａ／ｗ）、栽培水稻（＾〇如（７）、香蕉（Ｍｗ如?Ｇｃｗ／ｗ＞？ａ／ａ）、高粱（５ｂ巧／ｗｗ?６／ｃｏ／ｏｒ）、??玉米（及＜３肌於）、乌拉尔图小麦（７Ｗ＂ｃｗ／ｗｗｒａｍ／）、挪威云杉（尸／ｃｅａａ＾／ｅｓ）、和??大麦（ｖｚ也ａ作）等，基因组大小分别为丨２５Ｍｂ、２６丨Ｍｂ、２６５Ｍｂ、２８３．８Ｍｂ、??４３０Ｍｂ、５３２Ｍｂ、８００Ｍｂ、２３００Ｍｂ、４９４０Ｍｂ、１９６００Ｍｂ、５１０００Ｍｂ１７４１，具有相??对较小的基因组的拟南芥、白菜和水稻转座元件所占的比例分别为丨〇％、３９．５％、??和４６％，而在玉米、挪威云杉和大麦基因组较大的植物中转座元件所占的比例分??别为８５％、７２％和８２％［１ＭＧ１，并且在不同的物种中各类转座元件所占的相对含量??也不同［２１］。数量如此巨大的转座元件，并不是都有转座活性，转座元件又分为??自主元件和非自主元件。自主转座元件，也就是可以利用自身编码的转座酶进行??转座的元件，该类元件结构完整，具有编码完整转座酶的开放阅读框，所编码的??转座酶可以促使自身发生转座
转座元件的括入对羞因绪构和功能的影响七Figurel.3St}ncumalandfanctitsnal曲s
【参考文献】：
期刊论文
[1]植物中活性MITEs转座子研究进展[J]. 胡冰杰,周明兵. 生物工程学报. 2018(02)
[2]高等植物转座元件功能研究进展[J]. 崔勰奎,曹晓风. 生物化学与生物物理进展. 2015(11)
[3]DNA同源重组机制的确立[J]. 向义和. 自然杂志. 2015(04)
[4]烟草基因组一类微小倒置重复转座元件（MITE）目前仍具转座活性[J]. 骆红梅,王菁菁,马文广,李婵媛,李永平,钟若涵,Jack Chen,董海涛,李文正. 农业生物技术学报. 2015(09)
[5]毛竹微型颠倒重复序列转座子PhTourist1的克隆与分析[J]. 胡慧,周明兵,杨萍,汤定钦. 林业科学. 2015(05)
本文编号：2987822
【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：82 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２转座后重组的示意图??Ｆｉｇｕｒｅ?２?Ｔｈｅ?ｒｅａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔ?ａｆｔｅｒ?ｔｒａｎｓｐｐｏｓｉｔｉｏｎ??
但是在不同的物种的基因组上含量并不相同，甚至有较大的区别，随着许多植物??基因组测序的完成，研究发现转座元件在基因组上的含量与其基因组的大小有一??定的正相关性，目前在已经完成基因组测序的物种（图１．２）拟南芥ＱｒａｈＷｏ／ｗｂ??短花药野生稻桃（／Ｖｗｍ／ｓ／ｊｅｎ＇／ｃｆｌ）白菜??ｒａ／ｗ）、栽培水稻（＾〇如（７）、香蕉（Ｍｗ如?Ｇｃｗ／ｗ＞？ａ／ａ）、高粱（５ｂ巧／ｗｗ?６／ｃｏ／ｏｒ）、??玉米（及＜３肌於）、乌拉尔图小麦（７Ｗ＂ｃｗ／ｗｗｒａｍ／）、挪威云杉（尸／ｃｅａａ＾／ｅｓ）、和??大麦（ｖｚ也ａ作）等，基因组大小分别为丨２５Ｍｂ、２６丨Ｍｂ、２６５Ｍｂ、２８３．８Ｍｂ、??４３０Ｍｂ、５３２Ｍｂ、８００Ｍｂ、２３００Ｍｂ、４９４０Ｍｂ、１９６００Ｍｂ、５１０００Ｍｂ１７４１，具有相??对较小的基因组的拟南芥、白菜和水稻转座元件所占的比例分别为丨〇％、３９．５％、??和４６％，而在玉米、挪威云杉和大麦基因组较大的植物中转座元件所占的比例分??别为８５％、７２％和８２％［１ＭＧ１，并且在不同的物种中各类转座元件所占的相对含量??也不同［２１］。数量如此巨大的转座元件，并不是都有转座活性，转座元件又分为??自主元件和非自主元件。自主转座元件，也就是可以利用自身编码的转座酶进行??转座的元件，该类元件结构完整，具有编码完整转座酶的开放阅读框，所编码的??转座酶可以促使自身发生转座
转座元件的括入对羞因绪构和功能的影响七Figurel.3St}ncumalandfanctitsnal曲s
【参考文献】：
期刊论文
[1]植物中活性MITEs转座子研究进展[J]. 胡冰杰,周明兵. 生物工程学报. 2018(02)
[2]高等植物转座元件功能研究进展[J]. 崔勰奎,曹晓风. 生物化学与生物物理进展. 2015(11)
[3]DNA同源重组机制的确立[J]. 向义和. 自然杂志. 2015(04)
[4]烟草基因组一类微小倒置重复转座元件（MITE）目前仍具转座活性[J]. 骆红梅,王菁菁,马文广,李婵媛,李永平,钟若涵,Jack Chen,董海涛,李文正. 农业生物技术学报. 2015(09)
[5]毛竹微型颠倒重复序列转座子PhTourist1的克隆与分析[J]. 胡慧,周明兵,杨萍,汤定钦. 林业科学. 2015(05)
本文编号：2987822
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