水稻微外显子基因及其相关基因家族分析
发布时间：2021-04-24 07:25
微外显子是一类长度不超过51个核苷酸的外显子。在一些早期研究中,微外显子常常因为长度短小而被忽略,未能得到正确的注释。近年来的研究开始揭示出微外显子的剪接特性以及它的一些重要功能。尽管对于植物基因的研究时有关于微外显子的发现和描述,但仍鲜有基于基因组的系统性识别和研究。为了填补这个空白,本研究从两个籼稻品种珍汕97和明恢63中识别和分析了微外显子及其相关基因家族。水稻珍汕97和明恢63的基因组注释显示,微外显子仅占全部外显子的6%,却存在于23%的基因中。本研究利用RNA-seq数据分别识别到7645个和8137个内部微外显子,其中33%和35%的微外显子此前未得到注释。这些新识别的微外显子主要存在于注释基因内部,将有助于基因组注释的完善。对微外显子基因的系统发育年龄层的分析发现,微外显子基因主要为古老基因,而微外显子则可能在较晚的时期出现。此外,微外显子基因中的微外显子与蛋白的功能结构域相关联。其中,AP2结构域和K-box结构域与微外显子相关性显著。另一方面,微外显子还与卷曲螺旋结构和酪氨酸磷酸化位点相关,暗示了微外显子具有的改变蛋白与蛋白相互作用和引入翻译后修饰位点的功能。在不同...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：115 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
缩略语表
1 文献综述
1.1 微外显子
1.1.1 微外显子的研究历程
1.1.2 微外显子的识别
1.1.3 可变剪接
1.1.4 微外显子的剪接与功能
1.2 水稻基因组
1.3 转录组测序技术
1.4 蛋白序列的结构与预测方法
1.5 AP2/ERF基因家族
1.6 MADS-box基因家族
1.7 本课题的研究目的与意义
2 微外显子的识别与基因年龄分析
2.1 前言
2.2 材料和方法
2.2.1 使用数据
2.2.2 软件与工具
2.2.3 微外显子的识别
2.2.4 微外显子及其转录本的验证
2.2.5 微外显子基因的年龄
2.2.6 微外显子的保守性
2.2.7 微外显子的氨基酸组成和功能探索
2.3 结果与分析
2.3.1 微外显子的识别
2.3.2 微外显子转录本的验证
2.3.3 微外显子基因的年龄
2.3.4 微外显子的保守性
2.3.5 微外显子区的氨基酸组成
2.3.6 微外显子的功能探索
2.4 讨论
3 微外显子的可变剪接与基因结构和功能
3.1 前言
3.2 材料与方法
3.2.1 微外显子与可变剪接
3.2.2 微外显子基因的功能富集
3.2.3 微外显子的剪接与蛋白结构
3.3 结果与分析
3.3.1 微外显子的剪接类型
3.3.2 微外显子基因的功能富集分析
3.3.3 微外显子可变剪接对蛋白产物的结构和功能的影响
3.4 讨论
4 微外显子与两个相关的基因家族
4.1 前言
4.2 材料与方法
4.2.1 数据收集
4.2.2 AP2/ERF和 MADS-box基因家族的识别
4.2.3 AP2/ERF基因家族和MADS-box基因家族的系统发育分析
4.2.4 AP2 结构域和K-box结构域中的微外显子
4.2.5 微外显子R1M1的密码子偏好性分析
4.3 结果与分析
4.3.1 植物中的AP2/ERF基因家族
4.3.2 AP2/ERF基因家族的系统发育分析
4.3.3 AP2结构域与微外显子
4.3.4 微外显子R1M1的密码子偏好性分析
4.3.5 MADS-box基因家族的识别
4.3.6 MIKC亚家族的系统发育分析
4.3.7 K-box结构域中的微外显子
4.4 讨论
5 总结与展望
5.1 总结
5.1.1 微外显子及其基因的识别与性质
5.1.2 微外显子与可变剪接
5.1.3 两个基因家族中的微外显子
5.2 创新点
5.3 展望
参考文献
发表论文和参加科研情况说明
附录
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]Arabidopsis RAV1 is down-regulated by brassinosteroid and may act as a negative regulator during plant development[J]. Yu Xin HU~*, Yong Hong WANG~*, Xin Fang LIU, Jia Yang LI~(**) Institute of Genetics and Developmental Biology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China.. Cell Research. 2004(01)
本文编号：3156946
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：115 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
缩略语表
1 文献综述
1.1 微外显子
1.1.1 微外显子的研究历程
1.1.2 微外显子的识别
1.1.3 可变剪接
1.1.4 微外显子的剪接与功能
1.2 水稻基因组
1.3 转录组测序技术
1.4 蛋白序列的结构与预测方法
1.5 AP2/ERF基因家族
1.6 MADS-box基因家族
1.7 本课题的研究目的与意义
2 微外显子的识别与基因年龄分析
2.1 前言
2.2 材料和方法
2.2.1 使用数据
2.2.2 软件与工具
2.2.3 微外显子的识别
2.2.4 微外显子及其转录本的验证
2.2.5 微外显子基因的年龄
2.2.6 微外显子的保守性
2.2.7 微外显子的氨基酸组成和功能探索
2.3 结果与分析
2.3.1 微外显子的识别
2.3.2 微外显子转录本的验证
2.3.3 微外显子基因的年龄
2.3.4 微外显子的保守性
2.3.5 微外显子区的氨基酸组成
2.3.6 微外显子的功能探索
2.4 讨论
3 微外显子的可变剪接与基因结构和功能
3.1 前言
3.2 材料与方法
3.2.1 微外显子与可变剪接
3.2.2 微外显子基因的功能富集
3.2.3 微外显子的剪接与蛋白结构
3.3 结果与分析
3.3.1 微外显子的剪接类型
3.3.2 微外显子基因的功能富集分析
3.3.3 微外显子可变剪接对蛋白产物的结构和功能的影响
3.4 讨论
4 微外显子与两个相关的基因家族
4.1 前言
4.2 材料与方法
4.2.1 数据收集
4.2.2 AP2/ERF和 MADS-box基因家族的识别
4.2.3 AP2/ERF基因家族和MADS-box基因家族的系统发育分析
4.2.4 AP2 结构域和K-box结构域中的微外显子
4.2.5 微外显子R1M1的密码子偏好性分析
4.3 结果与分析
4.3.1 植物中的AP2/ERF基因家族
4.3.2 AP2/ERF基因家族的系统发育分析
4.3.3 AP2结构域与微外显子
4.3.4 微外显子R1M1的密码子偏好性分析
4.3.5 MADS-box基因家族的识别
4.3.6 MIKC亚家族的系统发育分析
4.3.7 K-box结构域中的微外显子
4.4 讨论
5 总结与展望
5.1 总结
5.1.1 微外显子及其基因的识别与性质
5.1.2 微外显子与可变剪接
5.1.3 两个基因家族中的微外显子
5.2 创新点
5.3 展望
参考文献
发表论文和参加科研情况说明
附录
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]Arabidopsis RAV1 is down-regulated by brassinosteroid and may act as a negative regulator during plant development[J]. Yu Xin HU~*, Yong Hong WANG~*, Xin Fang LIU, Jia Yang LI~(**) Institute of Genetics and Developmental Biology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China.. Cell Research. 2004(01)
本文编号：3156946
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3156946.html
