珍稀濒危水生植物宽叶泽苔草的谱系地理学及居群遗传学研究
发布时间：2021-08-13 12:53
宽叶泽苔草（Caldesia grandis）为泽泻科（Alismataceae）泽苔草属（Caldesia）多年生挺水草本植物,主要分布于旧世界热带地区,如马来西亚、印度、中国等地的高山湿地、沼泽中。在中国,宽叶泽苔草在湖南、广东、福建、浙江、云南及台湾等地区都曾有过报道。近年来,由于人为干扰及生境的丧失,宽叶泽苔草的野外居群数量及规模已极大减少,该种已被IUCN列为“极度濒危”植物。为给宽叶泽苔草制定科学的保护策略,本研究以中国现存9个宽叶泽苔草居群为研究对象,利用新开发的5对多态性叶绿体DNA片段序列及简化基因组测序数据,开展了自然居群的遗传变异水平及谱系地理学等研究,主要结果如下:（1）开展了宽叶泽苔草三个个体的叶绿体全基因组测序与组装,全长为168,211bp～168,304bp,通过比较发现三个叶绿体基因组的结构、GC含量、基因数目及基因顺序基本一致,且均未在IR区检测到明显的收缩或扩张。并依据比较基因组学分析开发得到14个具多态性的叶绿体微卫星位点（cpSSR）及28个叶绿体高突变位点,并对其中10对引物进行了PCR扩增验证,得到了5对能稳定扩增的引物用于后续宽叶泽苔草的...
【文章来源】：西藏大学西藏自治区 211工程院校
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
宽叶泽苔草植株及生境Figure2-1CommunitiesandhabitatsofC.grandis
21图2-1宽叶泽苔草植株及生境Figure2-1CommunitiesandhabitatsofC.grandis图注：（a）：拐湖居群生境；（b）：浪畔湖居群生境；（c）：台湾宜兰居群珠芽；（d）：青田居群植株；（e）：临武居群植株。Note:(a):habitatsofGH;(b):habitatsofLPH;(c):inflorescencebulbilsinYL;(d):theindividualplantinQT;(e):theindividualplantinLW.图2-2宽叶泽苔草9个居群的地理分布Figure2-2GeographicaldistributionoftheninepopulationsofC.grandis
313.2叶绿体全基因组组装结果与结构特征比较分析宽叶泽苔草三个叶绿体全基因组组装结果显示，其叶绿体基因组具有典型的环状结构，由大单拷贝区（LSC，Largesinglecopyregion）、小单拷贝区（SSC，Smallsinglecopyregion）和两个反向重复区（IR，Invertedrepeatregion）组成。LPH居群全长为168,211bp，BH居群全长为168,309bp，NX居群全长为168,304bp；三个叶绿体基因组的大单拷贝区长度在90,985~90,989bp之间、小单拷贝区长度在13,679~13,680bp之间、反向重复区长度在31,771~31,830bp之间对叶绿体基因组注释发现三个个体叶绿体基因组得到的基因个数均为113个，其中编码蛋白的基因个数为79个，tRNA基因个数30，rRNA基因4个，有18个基因是位于IRs区，其中蛋白质编码基因7个，tRNA基因7个，rRNA基因4个，编码区与非编码区的比例大约为0.71，平均的基因密度约为0.78个基因/kb。且三个叶绿体基因组的GC含量均为37.1%，叶绿体基因组的详细信息见表3-2。三个居群个体的叶绿体基因组环化物理图，见图3-1。图3-1宽叶泽苔草3个居群叶绿体基因组的物理环化图图3-1CircularchloroplastgenomemapofCaldesiagrandis
【参考文献】：
期刊论文
[1]丹霞梧桐群体遗传结构及其遗传分化[J]. 武星彤,陈璐,王敏求,张原,林雪莹,李鑫玉,周宏,文亚峰. 生物多样性. 2018(11)
[2]中国植物谱系地理学研究进展[J]. 王野影,唐明,李菲,唐婧,汤晓辛. 分子植物育种. 2018(23)
[3]末次间冰期以来3种云杉属植物的历史分布变迁及避难所[J]. 张爱平,王毅,熊勤犁,伍小刚,孙晓铭,黄艳蒙,张林,潘开文. 应用生态学报. 2018(07)
[4]基于AFLP分析的伯乐树（Bretschneidera sinensis）谱系地理学研究[J]. 胡普炜,段磊,王美娜,王铮峰,陈红锋. 植物科学学报. 2017(06)
[5]福建省种子植物新资料[J]. 郑丽香,缪夏添,安昌,王鹏程,马嘉琦,白振宇,林青青,林羽,黄泽豪. 福建林业科技. 2017(02)
[6]湖南临武平溪洞山地湿地宽叶泽苔草群落种间联结分析[J]. 杨文,曾翔,黎明. 湖南林业科技. 2016(03)
[7]浙江水生维管束植物分布新记录[J]. 王金旺,邹颖颖,魏馨,卢翔,杨升. 浙江农业科学. 2016(05)
[8]广东南雄青嶂山天池宽叶泽苔草群落观察[J]. 肖建生,钟平生,胡喻华. 林业与环境科学. 2016(02)
[9]RAD-seq技术在基因组研究中的现状及展望[J]. 王洋坤,胡艳,张天真. 遗传. 2014(01)
[10]Geographic variation of chloroplast DNA in Platycarya strobilacea（Juglandaceae）[J]. Shi-Chao CHEN,Li ZHANG,Jie ZENG,Fei SHI,Hong YANG,Yun-Rui MAO,Cheng-Xin FU. Journal of Systematics and Evolution. 2012 (04)
博士论文
[1]珍稀濒危水生植物宽叶泽苔草（泽泻科）的保护遗传学研究[D]. 陈进明.武汉大学 2005
硕士论文
[1]罗汉果的谱系地理学研究[D]. 解兵斌.广西师范大学 2019
[2]地质和气候对横断山区水韭属植物遗传结构及其适应性进化的影响[D]. 李想.武汉大学 2017
[3]观光木分子谱系地理学研究[D]. 何长青.中南林业科技大学 2015
[4]基于RAD简化基因组测序技术的13种中国地方优良鸡品种SNPs多态性图谱构建及群体遗传学分析[D]. 翟正晓.上海交通大学 2014
本文编号：3340465
【文章来源】：西藏大学西藏自治区 211工程院校
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
宽叶泽苔草植株及生境Figure2-1CommunitiesandhabitatsofC.grandis
21图2-1宽叶泽苔草植株及生境Figure2-1CommunitiesandhabitatsofC.grandis图注：（a）：拐湖居群生境；（b）：浪畔湖居群生境；（c）：台湾宜兰居群珠芽；（d）：青田居群植株；（e）：临武居群植株。Note:(a):habitatsofGH;(b):habitatsofLPH;(c):inflorescencebulbilsinYL;(d):theindividualplantinQT;(e):theindividualplantinLW.图2-2宽叶泽苔草9个居群的地理分布Figure2-2GeographicaldistributionoftheninepopulationsofC.grandis
313.2叶绿体全基因组组装结果与结构特征比较分析宽叶泽苔草三个叶绿体全基因组组装结果显示，其叶绿体基因组具有典型的环状结构，由大单拷贝区（LSC，Largesinglecopyregion）、小单拷贝区（SSC，Smallsinglecopyregion）和两个反向重复区（IR，Invertedrepeatregion）组成。LPH居群全长为168,211bp，BH居群全长为168,309bp，NX居群全长为168,304bp；三个叶绿体基因组的大单拷贝区长度在90,985~90,989bp之间、小单拷贝区长度在13,679~13,680bp之间、反向重复区长度在31,771~31,830bp之间对叶绿体基因组注释发现三个个体叶绿体基因组得到的基因个数均为113个，其中编码蛋白的基因个数为79个，tRNA基因个数30，rRNA基因4个，有18个基因是位于IRs区，其中蛋白质编码基因7个，tRNA基因7个，rRNA基因4个，编码区与非编码区的比例大约为0.71，平均的基因密度约为0.78个基因/kb。且三个叶绿体基因组的GC含量均为37.1%，叶绿体基因组的详细信息见表3-2。三个居群个体的叶绿体基因组环化物理图，见图3-1。图3-1宽叶泽苔草3个居群叶绿体基因组的物理环化图图3-1CircularchloroplastgenomemapofCaldesiagrandis
【参考文献】：
期刊论文
[1]丹霞梧桐群体遗传结构及其遗传分化[J]. 武星彤,陈璐,王敏求,张原,林雪莹,李鑫玉,周宏,文亚峰. 生物多样性. 2018(11)
[2]中国植物谱系地理学研究进展[J]. 王野影,唐明,李菲,唐婧,汤晓辛. 分子植物育种. 2018(23)
[3]末次间冰期以来3种云杉属植物的历史分布变迁及避难所[J]. 张爱平,王毅,熊勤犁,伍小刚,孙晓铭,黄艳蒙,张林,潘开文. 应用生态学报. 2018(07)
[4]基于AFLP分析的伯乐树（Bretschneidera sinensis）谱系地理学研究[J]. 胡普炜,段磊,王美娜,王铮峰,陈红锋. 植物科学学报. 2017(06)
[5]福建省种子植物新资料[J]. 郑丽香,缪夏添,安昌,王鹏程,马嘉琦,白振宇,林青青,林羽,黄泽豪. 福建林业科技. 2017(02)
[6]湖南临武平溪洞山地湿地宽叶泽苔草群落种间联结分析[J]. 杨文,曾翔,黎明. 湖南林业科技. 2016(03)
[7]浙江水生维管束植物分布新记录[J]. 王金旺,邹颖颖,魏馨,卢翔,杨升. 浙江农业科学. 2016(05)
[8]广东南雄青嶂山天池宽叶泽苔草群落观察[J]. 肖建生,钟平生,胡喻华. 林业与环境科学. 2016(02)
[9]RAD-seq技术在基因组研究中的现状及展望[J]. 王洋坤,胡艳,张天真. 遗传. 2014(01)
[10]Geographic variation of chloroplast DNA in Platycarya strobilacea（Juglandaceae）[J]. Shi-Chao CHEN,Li ZHANG,Jie ZENG,Fei SHI,Hong YANG,Yun-Rui MAO,Cheng-Xin FU. Journal of Systematics and Evolution. 2012 (04)
博士论文
[1]珍稀濒危水生植物宽叶泽苔草（泽泻科）的保护遗传学研究[D]. 陈进明.武汉大学 2005
硕士论文
[1]罗汉果的谱系地理学研究[D]. 解兵斌.广西师范大学 2019
[2]地质和气候对横断山区水韭属植物遗传结构及其适应性进化的影响[D]. 李想.武汉大学 2017
[3]观光木分子谱系地理学研究[D]. 何长青.中南林业科技大学 2015
[4]基于RAD简化基因组测序技术的13种中国地方优良鸡品种SNPs多态性图谱构建及群体遗传学分析[D]. 翟正晓.上海交通大学 2014
本文编号：3340465
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