百合科植物psbA基因密码子偏好性分析

发布时间：2021-10-29 11:51

　　利用CodonW、CHIPS与CUPS等程序对60种百合科植物psbA基因的密码子偏好性展开分析,结果发现有26种密码子具有偏好性,其中12个极强,10个密码子在psbA中出现率极低,13个密码子没有出现。ENc平均值为37.84,显示出密码子偏好性较弱。GC和GC3s平均值分别为42.5%和48.0%,表明密码子组成偏向A与U碱基,且倾向于以A/U结尾。CAI的平均值为0.218,说明密码子的表达水平偏低。ENc-plot表明密码子偏好性主要受到自然选择的影响。聚类分析表明,基于CDS序列的聚类比基于RSCU更适合作为百合科植物系统发育分析。 

【文章来源】：生物学杂志. 2020,37(06)北大核心CSCD

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

60种百合科植物psbA基因的RSCU热图

psbA基因RSCU值聚类树状图

基于CDS的系统进化树更接近这60种植物的真实系统分类,在NJ进化树(图5)中烟草、拟南芥与百合科植物形成2个不同的分支。百合科植物中,贝母属、百合属、大百合属与老鸦瓣属等聚为一簇,而黄精属与天门冬属等聚为一簇。具有相近亲缘关系的植物在NJ树中相对接近,表明psbA基因CDS的差异大小与物种的亲缘关系远近有较密切的联系。比如:来自贝母属的所用植物均集中在进化树中的一个分支;来自大百合属的3种植物集中在一个分支。3 讨论与结论

【参考文献】：
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本文编号：3464600