转反义ACO基因甜瓜品系果实发育过程的转录组分析

发布时间：2017-12-22 05:26

  本文关键词：转反义ACO基因甜瓜品系果实发育过程的转录组分析　出处：《内蒙古大学》2017年硕士论文　论文类型：学位论文

  更多相关文章： 甜瓜 乙烯 果实发育 转录组 生物信息学

【摘要】：甜瓜是一种在世界广泛种植的经济作物,研究甜瓜果实发育过程的生物学机制与相关基因,对于人们加强对甜瓜以及其他作物果实发育的理解具有重要意义,进一步为果实的贮藏保鲜、品质改良等提供了思路与理论依据。本研究利用转录组测序与生物信息学技术,针对果实发育前后的两个时期,对转反义ACO基因的M9品系河套蜜瓜(Cucumis melo L.cv Hetao)与原种河套蜜瓜进行了转录组测序和较全面的比较,以找出转反义ACO基因与乙烯对甜瓜果实发育的影响。本研究对甜瓜乙烯合成转录调控与信号通路中的5个关键基因家族CmCTR、CmEIN2、CmHB、CmETR、CmRIN进行了全基因组范围的生物信息学鉴定,分别鉴定出了 20、6、17、3、21个家族成员。分析其与CmEIN3/EILs共6个基因家族在M9与原种河套蜜瓜转录组中的表达情况,结果显示多数基因家族在此过程中的表达情况复杂,CmEIN3/EILs家族在两个品系的样本中整体受到上调,CmETR则相反。本研究统计了 M9与原种河套蜜瓜转录组的GO富集情况,绘制了相应的GO有向无循环图,使用AmiG01.8对以上GO富集信息进行分析,发现M9品系在有机酸及羧酸代谢、细胞器及组分的组织与合成代谢、光合系统、与其他有机体的互作、脱羧反应的氧化还原酶活性、核苷酸三磷酸酶活性方面的GO富集比例明显大于原种,而原种在蛋白质位置信息相关GO的富集比例和绝对数量都明显大于M9品系。最后基于转录组Log2Foldchange值,利用R语言等工具筛选基因,进一步选取了9个基因,为后续的研究提供了资料与依据。
【学位授予单位】：内蒙古大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：S652

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前6条

1 马勇;莘少红;巴德仁贵;哈斯阿古拉;;甜瓜EIN3/EILs基因家族全基因组鉴定与进化分析[J];基因组学与应用生物学;2014年01期

2 陈宇杰;陈明;乌兰巴特尔;郝金凤;高峰;哈斯阿古拉;;甜瓜乙烯受体基因Cm-ETR1 cDNA的克隆及表达特性分析[J];生物技术通报;2013年07期

3 赵屹;谷瑞升;杜生明;;生物信息学研究现状及发展趋势[J];医学信息学杂志;2012年05期

4 王兴春;杨致荣;王敏;李玮;李生才;;高通量测序技术及其应用[J];中国生物工程杂志;2012年01期

5 陈银华;黄伟;王海;;ACC氧化酶基因研究进展[J];海南大学学报(自然科学版);2006年02期

6 陈新建,刘国顺,陈占宽,郅玉宝,易明林,刘鸿先;乙烯生物合成途径及其相关基因工程的研究进展(综述)[J];热带亚热带植物学报;2002年01期

中国硕士学位论文全文数据库 前1条

1 玉庄;转ACC氧化酶反义基因河套蜜瓜耐贮藏品系选育[D];内蒙古大学;2008年

，

本文编号：1318607