小麦品质性状—沉淀值的全基因组关联分析

发布时间：2023-06-03 03:18

　　小麦是我国重要的主粮之一,沉淀值作为小麦品质性状组成之一,对小麦育种和食品加工有重要影响。沉淀值是评价小麦面筋含量重要指标之一,与面包体积和面团形成、稳定时间等有密切关系。因此,对小麦沉淀值及其遗传规律进行研究,对于小麦育种和品质改良有着重要意义。本文利用660K基因芯片基因分型,通过收集的493份小麦核心种质材料进行沉淀值的全基因组关联分析,通过2年时间3个地区5个环境下种植与面粉沉淀值测定,利用全基因组关联分析解析沉淀值遗传控制机理。主要研究结果如下:(1)参试材料属于自然群体,群体结构分析表明,本研究所用材料适合做全基因组关联分析,材料间亲缘关系较远,只有43份材亲缘关系较近,符合全基因组关联分析材料约占总材料的92%,对结果准确性和可信度奠定基础。(2)小麦沉淀值特性在参加试验的493份材料间的变异较广泛,且频率分布成正态分布,少部分材料在5个环境下沉淀值较大,如陕优225等。山东(SD)和陕西(SX)环境下,小麦品质较其他3个环境明显提高,SX环境沉淀值变异最大,其他环境下基本一致。(3)全基因组关联分析中发现在1A、1B、1D、6A、7D染色体上都检测到强遗传效应SNP遗传...

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【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
第一章 绪论
    1.1 小麦沉淀值及其研究进展
        1.1.1 沉淀值的测定方法
        1.1.2 沉淀值影响因素
        1.1.3 环境对沉淀值的影响
        1.1.4 基因型对沉淀值影响
    1.2 关联分析基本方法
        1.2.1 数量性状基因座的传统连锁作图
        1.2.2 全基因组关联分析
        1.2.3 全基因组关联分析的发展
        1.2.4 单核苷酸多态性及基因芯片
        1.2.5 连锁不平衡
        1.2.6 影响连锁不平衡的因素
    1.3 研究的目的与意义
    1.4 技术路线
第二章 沉淀值的全基因组关联分析
    2.1 材料与方法
        2.1.1 实验材料与大田种植
        2.1.2 面粉制备
    2.2 性状的测定与分析
        2.2.1 沉淀值地测定
        2.2.2 DNA提取与分型
        2.2.3 SNP标记的填补与统计
        2.2.4 表型数据
        2.2.5 群体结构分析
        2.2.6 连锁不平衡分析
        2.2.7 关联分析与SNP位点的筛选
第三章 结果分析
    3.1 沉淀值数数据分析
    3.2 660K SNP基因芯片分型结果
    3.3 群体结构分析
    3.4 主成分分析
    3.5 亲缘关系分析
    3.6 连锁不平衡分析
    3.7 五个环境下沉淀值性状的全基因组关联分析
        3.7.1 原始数据关联分析
        3.7.2 基因填补后关联分析
        3.7.3 K=29 时填补后数据关联分析
        3.7.4 K=29 时原始数据平均值关联分析
    3.8 单倍型Block分析
    3.9 关联位点优异等位变异
第四章 讨论
    4.1 小麦沉淀值特性
    4.2 全基因组关联分析
    4.3 小麦沉淀值关联分析
        4.3.1 群体结构
        4.3.2 混合线性模型选择
        4.3.3 SNP位点定位
第五章 结论和展望
    5.1 全文结论
        5.1.1 沉淀值
        5.1.2 关联分析遗传标记
    5.2 展望
参考文献
致谢
发表论文及专利情况



本文编号：3828559