烟台黑猪SLA-DQA和DRA基因多态性及其与仔猪腹泻的相关性研究

发布时间：2018-03-16 06:02

  本文选题：SLA-DQA　切入点：SLA-DRA　出处：《甘肃农业大学》2015年硕士论文　论文类型：学位论文

【摘要】：猪白细胞抗原(Swine Lymphocyte Antigen,SLA)II类是猪基因组中掌管免疫反应的主要基因家族,其主要表达基因为SLA-DQ和SLA-DR基因。本研究采用PCR-SSCP和克隆测序技术对290头烟台黑猪仔猪的SLA-DQA和DRA基因中的六个外显子多态性进行检测并构建基因单倍型,阐述基因型、单倍型与仔猪腹泻疾病的相关性,利用多种生物信息学软件预测和分析该基因蛋白质的结构和功能,以期了解SLA-DQA和DRA基因的遗传特性,预测该基因蛋白质的结构和功能,分析SLA-DQA和DRA基因作为猪的抗病育种候选基因的可能性,并为猪多基因复杂遗传病的研究提供一定的理论依据。具体研究结果如下:1.烟台黑猪SLA-DQA基因外显子2包括4种等位基因和5种基因型(AA、BB、AB、AC和AD)、外显子3包括6种等位基因(A、B、C、D、E和F)和8种基因型(AA、BB、AB、CC、BC、DD、EE和CF)、外显子4检测到4种等位基因(A、B、C和D)形成了7种基因型(AA、BB、AB、CC、BC、AD和BD);SLA-DRA基因外显子1检测到2种等位基因(A和B)和3种基因型(AA、BB和AB)、外显子2包括3种等位基因(A、B和C)和4种基因型(AA、BB、AB和AC)、外显子4检测到5种等位基因(A、B、C、D和E),形成了8种基因型(AA、BB、AB、CC、AC、BC、DD和AE)。2.烟台黑猪SLA-DQA基因外显子2、3和4核苷酸序列上分别检测出20、9和3个SNPs,导致10、7和1个氨基酸改变;SLA-DRA基因外显子1、2和4上分别检测出2、2和7个SNPs,导致1、1和5个氨基酸改变。检测到发现四个新等位基因序列,GenBank序列登录号为KM411978、KM411974、KM485557和KM485560。3.SLA-DQA基因外显子2表现为中度多态,外显子3和4表现为高度多态性,遗传多样性丰富;SLA-DRA基因外显子1遗传变异程度最小,属低度多态,外显子2和4分别属于中度和高度多态。4.性别效应对腹泻影响不明显(p0.05),基因型对腹泻影响极显著(p0.01)。在SLA-DQA基因中,外显子2的基因型AB、AC和AD,外显子3中基因型BC和DD,外显子4中基因型BC的腹泻影响极显著高于其它基因型(p0.01);在SLA-DRA基因中,外显子1对仔猪腹泻影响不显著(p0.05);外显子2的基因型AC和外显子4中基因型CC、DD和AE的腹泻影响极显著高于其他基因型(p0.01),这些基因型可能是腹泻易感基因型。5.SLA-DQA和SLA-DRA基因分别构建了20和14种单倍型,各单倍型之间频率分布不均匀,单倍型显著影响仔猪腹泻评分(p0.05)。D’和r2检验显示SLA-DQA和SLA-DRA基因均存在连锁不平衡现象,在SLA-DQA中,Hap3、Hap18和Hap20的腹泻评分极显著高于其他单倍型(p0.01),Hap4和Hap15的腹泻评分最低,为0;在SLA-DRA中,Hap3和Hap11的仔猪腹泻评分极显著高于其他单倍型(p0.01),Hap14的腹泻评分最低。腹泻评分较低的单倍型可能对腹泻疾病具有一定的抗性。6.SLA-DQA和SLA-DRA基因蛋白质结构相似,其二级结构均为亲水性混合型蛋白质,包括α螺旋、β折叠、无规则卷曲和延伸链四种结构。预测的SLA-DQA和SLA-DRA基因蛋白质三级结构均是由一条α链组成的单链分子,编码α1抗原结合区。SLA-DQA和SLA-DRA蛋白质在信号转导、受体、胁迫应答、免疫应答和生长因子的几率均较高,说明两种基因在个体的免疫功能和生长调控方面起重要作用。本研究结果说明烟台黑猪SLA-DQA和SLA-DRA基因各外显子具有不同程度的多态性,基因型和单倍型对仔猪腹泻评分具有显著影响,SLA-DQA和SLA-DRA蛋白是由一条α链组成的亲水性不稳定混合蛋白质,具有抗原结合位点,对猪的抗原结合、呈递能力和生产性状等方面起到较高的调节作用,本研究结果表明SLA-DQA和SLA-DRA基因可以作为猪抗病性候选基因,为猪的抗病机制及多基因复杂遗传病的研究提供一定的理论基础。
[Abstract]:Swine leukocyte antigen (Swine Lymphocyte Antigen, SLA II) is mainly in charge of the immune response in the swine genome gene family, the gene expression of SLA-DQ and SLA-DR gene. This study used PCR-SSCP cloning and sequencing of 290 Yantai black pigs piglets SLA-DQA and DRA gene in exon six polymorphism detect and construct the gene haplotype, this genotype, haplotype and correlation of piglet diarrhea disease, the structure and function of using a variety of bioinformatics software analysis and prediction of the protein gene, in order to understand the genetic characteristics of SLA-DQA and DRA genes, predict the structure and function of the protein gene, SLA-DQA gene and DRA gene as a possibility analysis the candidate genes for pig breeding, and provide a theoretical basis for the pig gene complex genetic disease research. The results are as follows: 1. Yantai black pig SLA-DQA gene 澶栨樉瀛，

本文编号：1618617