5个中国绵羊群体KAPs基因的遗传变异研究

发布时间：2017-03-29 19:09

  本文关键词：5个中国绵羊群体KAPs基因的遗传变异研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：角蛋白关联蛋白(Keratin-associated proteins,KAPs)是羊毛纤维的主要结构组成部分,由KAPs基因家族编码。KAP11-1基因和KAP15-1基因属于高硫KAPs基因家族成员,在绵、山羊上鲜有报道。为了分析中国绵羊群体KAPs基因的遗传变异,本研究采用PCR-SSCP技术,以KAP11-1基因和KAP15-1基因为候选基因,以藏绵羊(欧拉型)、甘肃高山细毛羊、滩羊、湖羊和青海细毛羊5个品种的749只个体为研究对象,检测2个基因的核苷酸序列和氨基酸序列变异,同时分析等位基因频率、遗传杂合度、有效等位基因数和多态信息含量等群体遗传特征,并对绵羊与其它物种2个基因的核苷酸序列同源性进行比较。主要研究结果为:(1)5个绵羊群体KAP11-1基因的编码区检测到c.93CT,c.240GA,c.285CG/A和c.331AG 4个SNPs位点,其中前3个为同义突变,而c.331AG为非同义突变,导致KAP11-1多肽链上1个氨基酸的改变(p.Ser111Gly);KAP15-1基因的编码区检测到7个SNPs位点(c.133AG,c.171CT,c.229CT,c.245TC,c.267AT,c.323GA和c.339TC),其中c.133AG,c.323GA,c.245TC和c.229CT为非同义突变,导致KAP15-1多肽链上p.Thr45Ala,p.Phe77Ser,p.Phe82Ser和p.Ser108Asn的改变。(2)5个绵羊群体的KAP11-1基因中共发现了A、B、C、D 4个等位基因。其中A为优势等位基因,基因频率为87.70%。在藏绵羊(欧拉型)、甘肃高山细毛羊、滩羊和湖羊4个群体的KAP15-1基因中发现了A、B、C、D 4个等位基因,而在青海细毛羊中只发现A、B、C 3个等位基因。4个等位基因中,A为优势等位基因,基因频率为87.10%。(3)群体遗传学分析表明,在5个绵羊群体中,滩羊KAP11-1基因的遗传杂合度、有效等位基因数和多态信息含量分别为0.17,1.38和0.26,均高于其余4个群体,呈中度多态;湖羊KAP15-1基因的遗传多态性较其它4个群体丰富,其遗传杂合度、有效等位基因数和多态信息含量分别为0.27,1.98和0.44,呈中度多态。(4)绵羊KAP11-1基因和KAP15-1基因的核苷酸序列与山羊、牛具有较高的同源性,在系统发育树中分别聚为同一支。
【关键词】：角蛋白关联蛋白 KAP11-1基因 KAP15-1基因 遗传变异 PCR-SSCP
【学位授予单位】：甘肃农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S826
【目录】：

• 摘要4-5
• Summary5-10
• 英文缩略词表10-11
• 前言11-12
• 第一部分 文献综述12-31
• 1 绵羊的起源12
• 2 中国绵羊产业现状12-20
• 2.1 中国绵羊遗传资源概况12-13
• 2.2 中国绵羊存栏量及羊产品产量13-17
• 2.3 本研究涉及的主要绵羊品种17-20
• 3 度量羊毛产量和品质的主要性状及影响因素20-24
• 3.1 度量羊毛产量和品质的主要性状20-21
• 3.2 影响毛用性状的因素21-24
• 4 KAPs基因的结构特点、表达及染色体定位24-26
• 4.1 KAPs基因的结构特点24-25
• 4.2 KAPs基因的表达25
• 4.3 KAPs基因在染色体上的定位25-26
• 5 KAPs基因在国内外的研究进展26-28
• 5.1 高硫KAPs基因的研究进展26-27
• 5.2 超高硫KAPs基因的研究进展27
• 5.3 高甘氨酸/酪氨酸KAPs基因的研究进展27-28
• 6 本试验候选基因概况28-29
• 6.1 KAP11-1 基因28
• 6.2 KAP15-1 基因28-29
• 7 PCR-SSCP技术29-30
• 7.1 PCR-SSCP技术的产生和建立29-30
• 7.2 PCR-SSCP技术特点30
• 8 本研究的目的与意义30-31
• 第二部分 材料与方法31-39
• 1 试验材料、仪器设备及试剂31-33
• 1.1 试验材料31
• 1.2 主要仪器设备31-32
• 1.3 溶液试剂配制32-33
• 2 试验步骤与方法33-39
• 2.1 基因组DNA的提取33
• 2.2 引物设计和PCR扩增33-35
• 2.3 SSCP分析35
• 2.4 等位基因序列测定35-36
• 2.5 数据统计与分析36-39
• 第三部分 结果与分析39-51
• 1 PCR-SSCP多态性检测结果39-41
• 1.1 KAP11-1 基因PCR-SSCP多态性检测结果39-40
• 1.2 KAP15-1 基因PCR-SSCP多态性检测结果40-41
• 2 核苷酸与氨基酸序列分析41-46
• 2.1 绵羊KAP11-1 基因的核苷酸与氨基酸序列比对结果41-43
• 2.2 绵羊KAP15-1 基因的核苷酸与氨基酸序列比对结果43-46
• 3 群体遗传学分析结果46-51
• 3.1 绵羊KAP11-1 基因的群体遗传学分析结果46-48
• 3.2 绵羊KAP15-1 基因的群体遗传学分析结果48-51
• 第四部分 讨论51-57
• 1 关于SSCP技术的讨论51-52
• 2 KAPs基因的遗传变异分析52-57
• 2.1 KAP11-1 基因的遗传变异分析52-54
• 2.2 KAP15-1 基因的遗传变异分析54-57
• 第五部分 结论57-58
• 参考文献58-65
• 附录1 核苷酸序列比对结果65-66
• 附录2 氨基酸序列比对结果66-67
• 附录3 氨基酸的简写符号67-68
• 致谢68-69
• 作者简介69-70
• 导师简介70-71

【参考文献】

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本文编号：275195