基于基因组结构变异筛选鉴定香猪肉质性状相关候选基因

发布时间：2020-11-02 18:36

　　 基于香猪基因组重测序数据,运用SoftSV、Pindel两个软件对基因组结构变异进行检测;以香猪和大白猪为实验材料,采用PCR方法检测9个SV位点的群体基因型分布频率,以RT-qPCR方法分析不同SV基因型对基因表达量的影响,得出的主要结果如下:1.对29头香猪、18头大白猪进行肉质测定,得出香猪的肉色、pH、肌内脂肪含量显著高于大白猪,香猪pH24、背膘厚、剪切力、滴水损失、眼肌面积等指标显著低于大白猪。经spearman相关分析,得出香猪pH1、pH24和肉色存在极显著相关性,滴水损失与肌内脂肪显著关联。2.通过SoftSV、Pindel软件对香猪、大白猪、长白猪重测序数据分析结果进行筛选,从香猪中发现29088个SV,影响6350个基因;大白猪和长白猪中分别检测到1987、10668个SV,影响705个、3048个基因。香猪特有SV有20349个,包含5351个基因,富集到33条信号通路,从中筛选出香猪肉质性状相关的9个候选结构变异,进行群体分布研究。3.结构变异CD9-I1-SV308SV位于CD9基因1号内含子中,定位到平均背膘厚、肉色等肉质性状的QTL区间。大白猪和香猪群体之间相比,结构变异CD9-I1-SV308的分布频率没有明显差异;DD缺失型脂肪组织中CD9基因的表达量明显低于II正常型。4.结构变异HADH-I2-SV282在HADH基因2号内含子中,定位于腹部脂肪重、胴体脂肪面积百分比等肉质性状相关QTL区间。HADH-I2-SV282位点在香猪和大白猪群体间等位基因频率和基因型分布存在极显著差异。对不同基因型在脂肪组织的表达量进行检测,DD缺失型HADH基因的表达量显著低于Ⅱ正常型。5.结构变异ADH5-I2-SV296位于ADH5基因内含子2内,变异区间QTL定位于肉质、眼肌面积、第十肋背脂等相关性状区域。两个群体间等位基因分布频率差异极显著。对ADH5正常(II型)、缺失(DD型)基因型进行脂肪组织表达量检测,DD型ADH5基因表达量显著低于II型。6.结构变异ACAA1-I3-SV312位点发现312 bp的缺失,位于ACAA1基因内含子3中。群体多态性检测,ACAA1-I3-SV312位点在香猪和大白猪群体间等位基因和基因型分布差异极显著。7.结构变异ACAT1-I10-SV274位于ACAT1基因内含子10中,大白群体II基因型所占比例最高,香猪群体中Ⅱ、ID型频率较高。通过等位基因频率分析,2个群体中基因型分布和等位基因频率均差异极显著。8.结构变异ACACA-5flank-SV286处于ACACA基因上游,群体多态性检测,ACACA-5flank-SV286位点在香猪和大白猪群体间等位基因分布差异极显著。9.结构变异ACADSB-I1-SV278位于ACADSB基因内含子1上,群体检测显示,大白猪中三种基因型均有检测,其中以Ⅱ正常型最为显著,香猪以杂合型频率最高。等位基因分布中,大白猪以Ⅰ等位基因为主,香猪则以D等位基因为主。10.结构变异RHEB-I2-SV293发生293 bp的缺失,位于RHEB基因2号内含子中。群体检测,RHEB-I2-SV293位点在香猪和大白猪群体间等位基因分布差异极显著。对RHEB不同基因型在脂肪组织表达量进行检测,DD缺失型RHEB基因的表达量显著低于Ⅱ正常型。11.结构变异PIK3R5-I4-SV297位于PIK3R5基因内含子4,测序比对发现297 bp的变异片段。群体多态性检测显示,大白猪和香猪等位基因和基因型分布均无显著差异。综上所述,香猪和大白猪肉质指标分析,香猪具有嫩度高、系水力强、肌内脂肪含量高。8个结构变异位点CD9-I1-SV308、HADH-I2-SV282、ADH5-I2-SV296、ACAA1-I3-SV312、ACAT1-I10-SV275、ACACA-5flank-SV286、ACADSB-I1-SV278和RHEB-I2-SV293在香猪和大白猪之间分布有显著性差异,可作为分子标记位点辅助鉴别香猪和大白猪。CD9-I1-SV308、CD9-I1-SV308、ADH5-I2-SV296、RHEB-I2-293SV四个位点的缺失基因型影响脂肪组织中基因的表达。
【学位单位】：贵州大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2019
【中图分类】：S828
【部分图文】：

图 3.1 三个猪品种特有和共有 SV 的 VEN 图分析Figure 3.1 VEN diagram表 3.5 结构变异预测位点信息Table 3.5 Structural Variation Prediction Site Information

II 型 DD 型 ID 型 ID 型 II 型 DD 型M:2000 DNAMarker图 3.2 结构变异 CD9-I1-SV308（a）和 HADH-I2-SV282（b）基因分型Figure 3.2 Genotyping of structural variation CD9-I1-SV308 (a) and HADH-I2-SV282 (b)

ID 型 DD 型 II 型 ID 型 DD 型 II 型M:2000 DNAMarker图 3.3 结构变异 ADH5-I2-SV296（a）和 ACAA1-I3-SV312 （b）基因分型Figure 3.3 Genotyping of structural variationADH5-I2-SV296 (a) andACAA1-I3-SV312 (b)
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本文编号：2867416