4个发育期香猪睾丸中piRNA簇的生物信息学分析

发布时间：2021-01-04 22:00

　　为明确piRNA簇（Piwi-interactiing RNA Clusters）在香猪睾丸发育过程中的表达规律和调节作用,本实验选择4个发育期的雄性香猪12头:断奶期（2月龄）、初情期（3月龄）、性成熟期（6月龄）和体成熟期（12月龄）,构建了4个小RNA文库,经小RNA测序,研究睾丸piRNA簇的数量、分布、来源、功能以及表达规律。结果显示:从4个发育期睾丸组织中共发现了758个piRNA簇,其中198个簇2个及2个以上发育期共表达。piRNA簇在染色体上的分布不均匀,6号、14号染色体最为密集,Y染色体上没有检测到piRNA簇。4个发育期香猪睾丸中58%以上的piRNA簇处于低丰度表达（CPM<1）,转座因子（TE）衍生的piRNA簇比例随月龄增加而下降,cDNA里检测到的piRNA簇保持较高数量。对piRNA簇来源基因进行GO分析,发现主要富集于binding功能,从中发现3个piRNA簇（簇Clu-003、簇Clu-033和簇Clu-025）与精子发生相关。这些研究结果提示piRNA簇影响香猪睾丸的发育过程。 

【文章来源】：中国畜牧杂志. 2020年10期 北大核心

【文章页数】：10 页

【部分图文】：

4个发育期pi RNA簇在染色体上的分布

pi RNA簇表达量的分析

本研究分析的pi RNA簇是从不同月龄的整个睾丸中分离出来，因此代表了来自不同发育期生殖细胞阶段的pi RNA的混合物。随着月龄的增加TE衍生相关簇所占比例相对减少，这与小鼠模型的研究结果一致，性成熟前生殖细胞进行活跃的减数分裂，即只有减数分裂表达的pi RNA富含TE相关序列，并参与乒乓循环，以抑制TEs在精子发生中的去甲基化和重甲基化过程的活跃度[22-23]。本研究中还发现了极少的假基因衍生簇，在普通绒猴睾丸中表达的pi RNA的分析表明，假基因位于pi RNA簇中，并且在pi RNA簇相反的方向[24]，说明包含基因或假基因序列的pi RNA簇的存在不是猪特有的，可能是普遍现象。图5 pi RNA簇来源基因的染色体定位

【参考文献】：
期刊论文
[1]促性腺激素释放激素激动剂通过ERK MAPK途径调控大鼠睾丸间质细胞3β-HSD mRNA表达[J]. 柳海燕,时姗姗,陶晓倩,卢坤刚,韩雪峰,张艳梅,崔英霞,李晓军,姚兵.  医学研究生学报. 2009(08)
[2]混合DNA样品池应用的研究[J]. 童大跃.  国外医学.临床生物化学与检验学分册. 2000(02)

硕士论文
[1]蒙古马睾丸发育及精子生成相关piRNA的鉴定及表达调控研究[D]. 道楞.内蒙古农业大学 2017



本文编号：2957444