禽致病性大肠杆菌全基因组测序与比较基因组学分析

发布时间：2023-05-09 19:50

　　禽致病性大肠杆菌(avian pathogenic Escherichia. coli, APEC)为禽大肠杆菌病病原,可引起家禽局部或全身性感染,主要造成家禽败血症(sepsis)、心包炎(pericarditis)和气囊炎(airsacculitis)等,该病原菌在世界范围内的流行对家禽业造成巨大的经济损失。目前,虽然很多与APEC菌株致病力相关的毒力因子已经被报道,但是,不同来源和不同致病型菌株之间基因组的多样性和频繁的转座事件及基因的水平转移,为APEC的致病机制研究带来很多困难。当前,关于APEC的致病机制仍不甚清楚。 随着第二代高通量测序技术的普及和第三代测序技术的开发,测序成本越来越低,获得序列信息的病原微生物越来越多,为揭示病原微生物的致病机制及其规律提供了新的行之有效的方法。目前,NCBI基因组数据库中只有2株APEC的全基因组序列信息,对APEC菌株的全基因组信息了解还比较少,为了更好地研究禽致病性大肠杆菌的遗传规律和致病机制,我们选取了2株APEC优势血清型078血清型菌株,进行了全基因组的测序和比较基因组分析的研究,主要研究内容包括： 1.禽致病性大肠杆菌全基因...

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摘要
Abstract
缩略词
1 文献综述
    1.1 微生物基因组学研究
        1.1.1 微生物基因组学的研究背景
        1.1.2 基因组测序技术的发展
        1.1.3 基因组学的研究方法
        1.1.4 微生物基因组学的应用
    1.2 禽致病性大肠杆菌研究进展
        1.2.1 禽致病性大肠杆菌病原学
        1.2.2 禽致病性大肠杆菌流行病学
        1.2.3 禽致病性大肠杆菌毒力因子研究进展
        1.2.4 禽致病性大肠杆菌基因组学研究进展
2 研究目的和意义
3 材料和方法
    3.1 材料
        3.1.1 菌株
        3.1.2 主要工具酶及试剂
        3.1.3 主要培养基及溶液的配制
        3.1.4 主要仪器与设备
    3.2 方法
        3.2.1 测序菌株的保存与复苏
        3.2.2 细菌全基因组的提取
        3.2.3 禽致病性大肠杆菌基因组序列的测定
        3.2.4 禽致病性大肠杆菌基因组注释与分析
        3.2.5 禽致病性大肠杆菌比较基因组学分析
        3.2.6 禽致病性大肠杆菌基因组进化分析
4 结果与分析
    4.1 所测禽致病性大肠杆菌的基本特征
    4.2 所测禽致病性大肠杆菌基因组的基本特征
        4.2.1 所测菌株基因组测序拼接结果的统计
        4.2.2 所测菌株基因组基本结构和特征
        4.2.3 基因组中的插入序列(IS)的分析
        4.2.4 基因组中的噬菌体相关编码基因
    4.3 禽致病性大肠杆菌比较基因组学分析
        4.3.1 4株禽致病性大肠杆菌同源基因聚类分析
        4.3.2 基因组共线性分析
        4.3.3 插入和缺失分析
    4.4 相关质粒的分析
    4.5 相关毒力因子的分析
    4.6 基因组进化分析
5 讨论
    5.1 基因组测序策略
    5.2 比较基因组学分析
    5.3 相关质粒的分析
    5.4 相关毒力因子的分析
    5.5 后续工作展望
6 结论
参考文献
致谢
附录



本文编号：3812286