5株类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒全基因组测序及分析

发布时间：2023-05-26 20:24

　　为了解类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的基因组变化情况与分子流行病学特征,对本实验室已鉴定为类NADC30阳性样品进行全基因组测序,共得到5个类NADC30 PRRSV全基因组,并依次命名为180049-1,180770-16,180546-27,180450-1,180253-5。对5株类NADC30毒株的NSP2蛋白进行氨基酸序列比对结果表明:与VR2332株对比,5株毒株在NSP2蛋白322～432,483,504～522位均存在111+1+19个氨基酸的不连续缺失,与已报道类NADC30毒株的缺失特征相同。其中,180546-27毒株在NSP2蛋白除具有与NADC30相同的氨基酸缺失以外,在毒株NSP2蛋白中位置18～23,805～806含有额外的6+2个氨基酸缺失。核苷酸同源性分析结果表明:180049-1,180770-16,180546-27,180450-1,180253-5全基因与CH-1a(谱系8)的核苷酸同源性分别为93.3%,84.8%,86...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 病料及处理
    1.2 主要试剂
    1.3 主要设备
    1.4 样品的全基因组获取
    1.5 同源性和遗传进化分析
    1.6 重组分析
2 结果
    2.1 5株类NADC30毒株的核苷酸同源性分析
    2.2 5株毒株ORF5 基因序列的遗传演化分析
    2.3 5株毒株NSP2基因缺失特征
    2.4 5株毒株全基因组重组分析
3 讨论



本文编号：3823228