基于部分PRRSV全基因组的遗传进化及重组热点分析

发布时间：2023-11-09 19:11

　　猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRS virus,PRRSV)引起的重要传染病。由于病毒的RNA依赖性RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)缺乏校对功能,在复制过程中病毒基因组序列容易发生突变。自1991年首次分离到PRRSV以来,其变异毒株不断出现,造成PRRSV的遗传多样性十分复杂。为了解我国北美洲型(North-American type,NA-type)PRRSV的遗传变异情况,本研究从2014-2018年来自9个省份的PRRSV感染病料中分离了12株NA-type PRRSVs,并测定其全基因组序列,发现多数毒株存在重组现象。为进一步发现NA-type PRRSV的重组规律和遗传变异特征,本研究对中美两国1991-2018年期间的NA-type PRRSVs全基因组序列(新测毒株序列138条、GenBank中所有的中美NA-type PRRSVs序列713条)进行了遗传进化、重组和NSP2插入缺失(Indel)多...

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【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
第一章 绪论
    1.1 猪繁殖与呼吸综合征病毒
        1.1.1 PRRSV基因组及其复制
        1.1.2 PRRSV的非结构蛋白及功能
        1.1.3 PRRSV的结构蛋白及功能
    1.2 PRRSV的遗传变异
    1.3 重组发生的生物学意义
    1.4 研究目的和意义
第二章 中美NA-type PRRSV的重组及遗传变异分析
    2.1 材料和方法
        2.1.1 细胞
        2.1.2 试剂和仪器
        2.1.3 病料收集
        2.1.4 样品处理和Sanger测序
        2.1.5 数据集选择
        2.1.6 系统发育分析
        2.1.7 重组分析
        2.1.8 NSP2多态模式的分类
        2.1.9 BEAST分析
    2.2 结果
        2.2.1 临床样品序列的重组分析
        2.2.2 NA-type PRRSV的地理分布
        2.2.3 基于ORF5基因的系统发生和分支特征
        2.2.4 中国NA-type PRRSV的分支间重组情况
        2.2.5 美国NA-type PRRSV的分支间重组情况及中美比较
        2.2.6 中、美NA-type PRRSV的分支内重组情况
        2.2.7 NA-type PRRSV的 NSP2插入缺失多态性
        2.2.8 L1和L8分支的进化动力学
    2.3 讨论
第三章 EU-type PRRSV的重组及遗传变异分析
    3.1 材料和方法
        3.1.1 样品处理和测序
        3.1.2 数据集
        3.1.3 重组分析
        3.1.4 NSP2多态模式分析
        3.1.5 进化树分析
    3.2 结果
        3.2.1 3株EU-type PRRSVs的同源性分析
        3.2.2 3株EU-type PRRSVs的结构蛋白变异特征
        3.2.3 EU-type PRRSV的重组情况
        3.2.4 EU-type PRRSV的 NSP2 插入缺失特征
        3.2.5 基于全长基因的遗传进化分析
        3.2.6 基于ORF5基因的系统发生和分支特征
    3.3 讨论
第四章 全文结论
参考文献
附录 A
致谢
作者简历



本文编号：3861850