肉鸭空肠组织饲料转化率及胸肌组织发育相关基因的富集与分析

发布时间：2024-05-29 06:24

　　饲料转化率(Feed Conversion Ratio, FCR)和胸肌率(Breast Muscle Ratio, BMR)是肉鸭育种中的两个重要性状,两者都可以直接反映肉鸭生产性能以及经济价值。众所周知,饲料转化率与胸肌率是受多基因控制的复杂数量性状,因此在转录组水平对肉鸭空肠组织FCR相关基因和胸肌组织肌肉发育相关基因进行富集和分析,对北京鸭育种有重要的意义,然而肉鸭的转录组分析一直受限于鸭基因组和蛋白组信息的不完整。本研究用北京鸭和枫叶鸭两个肉鸭品种作为为实验材料,各选取120只,在相同条件下饲养,记录其体重等数据,连续饲养6周,然后根据FCR数据排序后筛选两尾个体,采用RNA-seq技术,对不同组别肉鸭空肠和胸肌组织进行转录组测序,同时使用转录子拼接的策略,建立新的参考基因组,并基于参考基因组数据进行后续转录本分析。取得的结果和结论如下：(1)新参考基因得到16663条拼接序列,其长度范围为300bp到102067bp,其N50长度为1530bp。使用reciprocal best-hit的算法对得到的拼接转录子根据鸭与鸡的同源进化关系进行注释,一共注释了11960条拼接转录...

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【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
1. 文献综述
    1.1 中国肉鸭育种研究进展
        1.1.1 我国鸭品种概况
        1.1.2 肉鸭育种
        1.1.3 北京鸭和枫叶鸭品种简介
    1.2 转录组测序技术
        1.2.1 第一代测序技术
        1.2.2 第二代测序技术
        1.2.3 第三代测序技术
        1.2.4 转录组测序技术的应用
    1.3 本研究目的及意义
2 材料与方法
    2.1 试验材料
    2.2 总RNA提取
        2.2.1 主要试剂及试剂盒
        2.2.2 试验步骤
    2.3 文库构建与测序
    2.4 测序数据的质量控制
    2.5 参考转录组的拼接
    2.6 转录子的注释
    2.7 比对与表达量统计
    2.8 差异表达基因分析
    2.9 GO和KEGG pathway分析
3 结果与分析
    3.1 表型统计结果
    3.2 测序结果以及质量控制
    3.3 序列拼接结果
    3.4 拼接转录子的注释
    3.5 读数比对结果
    3.6 表达量统计
    3.7 差异基因结果
    3.8 GO功能注释富集结果
    3.9 KEGG pathway分析
4. 讨论
    4.1 不同品系和相同品系肉鸭的对比
    4.2 从头拼接转录组的策略
    4.3 转录子注释的策略
    4.4 空肠组织免疫功能相关基因的差异表达
    4.5 胸肌组织脂肪代谢相关基因的差异表达
5 结论
参考文献
致谢
攻读期间发表论文



本文编号：3984194