海扬黄鸡腿肌转录组分析及Alox5基因对成肌细胞增殖分化的影响

发布时间：2025-01-14 19:22

　　骨骼肌的生长发育从胚胎期到成年期经过了一系列调控基因表达量的变化,并且这些基因的表达量随着肌肉生长的过程发生变化,其调控机制也非常复杂。为了更深入的了解肉鸡从胚胎期到成年期生长发育过程中关键基因的调控作用,本试验以海扬黄鸡为试验材料,利用RNA-seq技术,筛选调控肌肉生长发育的差异表达基因,并研究关键基因Alox5对成肌细胞增殖分化的影响以及在此过程中调控的差异miRNA。主要研究结果如下:1.对海扬黄鸡不同生长阶段(E12,E16,1d和10w,每个时期公母各3只)腿部肌肉组织的转录水平进行分析,结果发现公母鸡分别检测出5743和6150个差异表达基因(Fold Change≥2且 FDR≤0.05),且 AHSG、ACACB、PHGDH、MYH1C 和 NTRK2这5个基因在公母鸡不同时间点之间的对比均属于共有差异表达基因,说明这些基因在公母鸡不同生长阶段都对肌肉发育产生了重要影响。2.对公母鸡差异表达基因的GO功能注释结果发现,公母鸡主要富集的GO条目基本一致,其中有一些显著富集且影响肌肉发育的条目(P<0.05),如细胞增殖(cell proliferation)、生长(...

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【学位级别】：博士

【部分图文】：

图１．２?ｍｉＲＮＡ的生物合成过程??Ｆｉｇ?１．２?ｍｉＲＮＡ?ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ??１．５．３?ｍｉＲＮＡ靶基因预测及作用机理??

、ＴＲＢＰ?，，?Ｓｔｒａｎｄ?ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ??Ｆ〇Ｔ＾．？Ｒ，ＳＣ?Ｍ？ｕｒｅｍ，ＲＮＡ??ｃｏｍｐｌｅｘ?５－?：?，?－?３＇??３．?１１１１１１１?ｎ?１１?＾?１１?ｉ，ｉ，ｐ?５．??ｍＲＮＡ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ??毒?善??ｍＲＮＡ?ｄ？ｇｒａｄａ！＞ｏｎ....

图２．１?ｃＤＮＡ文库构建图??Ｆｉｇ?２．１?Ｔｈｅ?ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ?ｍａｐ?ｏｆ?ｃＤＮＡ?ｌｉｂｒａｒｙ??

?扬州大学博士学位论文???ＰＣＲ产物，得到最终的文库。先使用Ｑｕｂｉｔ２．０进行初步定量，稀释文库至１．５ｎｇ／ｕｌ，再??利用Ａｇｉｌｅｎｔ?２１００对文库进行质检，符合要求后，使用ＲＴ－ｑＰＣＲ方法对文库的有效浓??度进行定量检测（文库有效浓度＞２ｎＭ），目的是为了确保文库....

图２．２测序样品ＲＮＡ质量检测图??Ｆｉ２．２?ＲＮＡｕａｌｉｔｄｅｔｅｃｔｉｏｎ??

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图２．３测序碱基错误率分布图??Ｆｉｇ?２．３?Ｔｈｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ｂａｓｅ?ｑｕａｌｉｔｙ??

?扬州大学博士学位论文???说，１－１５０?ｎｔ为正向测序的结果，１５０－３００?ｎｔ则为反向测序的结果。随着测序长度的增??力口，发生错误的概率就越高，因此在终止位置错误率较高，但总的测序错误率均不超过??０．０４?％。结果说明本研究中测序数据碱基读取的准确率高。??ＥｎＷ?ｒ....

本文编号：4027069