脊椎动物内源性逆转录病毒多样性和进化的研究

发布时间：2025-02-08 15:59

　　逆转录病毒是一类仅感染脊椎动物的单链RNA病毒,在人类和动物中可以引发多种疾病。逆转录病毒的复制需要将单链RNA逆转录成DNA然后整合到宿主基因组中。逆转录病毒通常感染宿主体细胞,但偶尔也会感染宿主生殖细胞。当逆转录病毒感染宿主生殖细胞时,整合到宿主基因组中的逆转录病毒(即内源性逆转录病毒)便会作为宿主基因组的一部分开始从亲代到子代的垂直遗传。内源性逆转录病毒记录了过去发生的逆转录病毒感染,为研究逆转录病毒的远古史提供了重要的“分子化石”。以往研究主要集中在哺乳动物和鸟类基因组中的内源性逆转录病毒,而目前对其他脊椎动物基因组中内源逆转录病毒的多样性所知甚少。本研究使用一种基于同源序列识别结合系统发生分析的方法在92种低等脊椎动物(72种鱼类、4种两栖类和16种爬行类)基因组中系统地挖掘内源性逆转录病毒。本研究共发现8075条内源性逆转录病毒序列,并重建出452条内源性逆转录病毒全基因组或部分基因组序列。本研究通过对新发现的内源性逆转录病毒以及其它具有代表性的逆转录病毒进行系统发生分析发现逆转录病毒可分为五大支系,为逆转录病毒的分类和宿主范围提供了新的视角。为了研究跨宿主传播和与宿主共进化...

【文章页数】：77 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１．１逆转录病毒复制过程??Ｆｉｇｌ．ｌ?Ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ?ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ??

于膜的内外表面，参与物质运输等活动。较大的亚基通过接，被称为表面（ｓｕｒｆａｃｅ，ＳＵ）蛋白。表面蛋白在识别［８］。??病毒可以编码一些附属基因。附属基因通常编码一些小史中发挥了重要的功能，比如调控病毒蛋白表达和对抗宿白是宿主的一种重要的限制性因子（ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ?ｆａｃ....

图１．２逆转录病毒分类示意图［３２］??Ｆｉｇ?１．２?Ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ?ａｎｄ?ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ?［３２］??

第１章绪论??逆转录病毒在调控宿主基因表达过程中也发挥了重要的作用。逆转有很多顺势作用元件，因此内源性逆转录病毒插入到基因的调控区的表达模式。Ｃｈｕｏｎｇ等人发现内源性逆转录病毒参与到了干扰素化，并在多种哺乳动物中独立地成为很多干扰素诱导基因的增强子内特定位置内源性逆转录病毒的同....

图２．１本研宄设计的内源性逆转录病毒挖掘的基本路线??

挖掘方法可能会低估内源性逆转录病毒的多样性［２２］。为了克服基于首先识别ＬＴＲ的??内源性逆转录病毒挖掘方法的缺陷，本研宄开发了一种基于同源序列识别结合系统发??生分析的内源性逆转录病毒挖掘方法。本研究开发的新方法基本思路如图２．１所示，??可以分为三个主要步骤：??（１）

图３．１内源性逆转录病毒系统发生分析??Ｆｉｇ３．１?Ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ?ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ?ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ?ａｎａｌｙｓｉｓ??

２．１逆转录病毒系统发生分析??本研宄对低等脊椎动物内源性逆转录病毒以及其它具有代表性的内源性和外源??性逆转录病毒进行系统发生分析（图３．１、图３．２）。系统发生分析将逆转录病毒分为??五个大的支系，每一簇均有很高的置信度支持（＞９５％）。我们将这五个支系分别命??名为“金、木....

本文编号：4031611