广灵驴CAPN1基因克

发布时间：2025-02-08 11:16

　　 本研究旨在对钙蛋白酶1(CAPN1)基因CDS区进行克隆及生物信息学分析,并鉴定其在广灵驴各组织中的表达量。应用生物信息学方法对广灵驴CAPN1基因CDS区进行序列分析,并对其编码蛋白的理化性质、亚细胞定位、翻译后修饰结构和蛋白结构进行预测;利用实时荧光定量PCR技术对CAPN1基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和背最长肌6种组织中的表达水平进行分析。结果显示,广灵驴CAPN1基因CDS区全长2 148 bp,可编码715个氨基酸,已提交至NCBI,登录号为:MN158194,其核酸序列与马、绵羊、牛、人、山羊、小鼠、猪的同源性分别为99.7%、92.3%、92.5%、92.0%、92.5%、85.9%和92.9%;CAPN1蛋白的分子质量为82.01 ku,理论等电点为5.59,平均疏水性为-0.374,不稳定系数为36.42,不存在跨膜区及信号肽;其编码蛋白的二级结构由无规则卷曲、α-螺旋、β-转角和延伸链组成;CAPN1基因在广灵驴的6种组织中均表达,其中在背最长肌中的表达量最丰富,其次是肝脏,在心脏中的表达最低。本研究成功克隆了广灵驴CAPN1基因CDS,并对其在不同组织中的表...

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【部分图文】：

图1 广灵驴CAPN1基因PCR扩增结果

以反转录后的cDNA为模板进行PCR扩增,用1.0%琼脂糖凝胶电泳进行检测,结果见图1。由图1可知,5对引物的PCR扩增产物条带单一、清晰,片段大小与预期结果相符。对目的条带进行割胶回收后克隆转化,之后筛选阳性质粒送测,分别得到487、402、423、738和709bp大小的基....

图2 广灵驴CAPN1基因核苷酸序列与其他物种的同源性比对

采用NJ(Neighbor-Jioning)法,通过Mega3.1软件构建CAPN1蛋白的系统进化树,设定为Kimura两参数法,重复次数1000次,结果见图4。由图4可知,广灵驴与马先聚在一起,再与猪聚在一起,最后才与小鼠聚在一起,表明驴与马的亲缘关系最接近。图3广灵驴C....

图3 广灵驴CAPN1基因氨基酸序列与其他物种的同源性比对

图2广灵驴CAPN1基因核苷酸序列与其他物种的同源性比对图4CAPN1蛋白系统进化树

图4 CAPN1蛋白系统进化树

图3广灵驴CAPN1基因氨基酸序列与其他物种的同源性比对2.4生物信息学分析

本文编号：4031438