溶血不动杆菌的全基因组测序及生物信息学分析

发布时间：2017-11-13 00:27

  本文关键词：溶血不动杆菌的全基因组测序及生物信息学分析

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【摘要】：部分不动杆菌属细菌属于条件致病菌，能够引起一系列的院内感染；由于滥用抗生素等原因，耐药性不动杆菌已陆续被报道。溶血不动杆菌是一类具有溶血活性和蛋白质水解活性的不动杆菌，近年来临床检出率不断攀升，，而且出现了一定的耐药性，引起了人们的广泛关注。高通量测序技术为基因组学研究领域带来变革，将该技术应用到不动杆菌全基因组测序中，对于探究其致病机理和耐药机制具有重要的临床意义。 本研究所用的溶血不动杆菌H2063来源于天津医科大学第二附属医院，药敏实验证实其为敏感性菌株。利用罗氏454GS FLX Titanium和Ion torrent PGM对菌株H2063进行了全基因组测序，并用Newbler软件拼接后获得15个scaffold，其间存在缺口85个。通过PCR技术补平scaffold内部和之间的缺口，最终将scaffold数目降至4个，最长的scaffold大小为3,418,036bp。目前基因组大小为3,502,567bp，编码基因3398个，基因编码序列占基因组全长的87.35%。溶血不动杆菌H2063基因组中存在10个假定的基因组岛，包含了毒力因子及代谢相关蛋白的编码基因。溶血不动杆菌H2063基因组携带一个铁载体acinetoferrin合成-转运基因簇，可能参与了胁迫条件下铁离子的吸收。另外，在该基因组中还发现了耐药相关的blaOXA-214-like基因和acc(6')-Ig基因，以及药物外排系统编码基因。目前，菌株H2063是拼接完成度最高的溶血不动杆菌，这对其他菌株的拼接具有重要的参考价值。另外，作为一株敏感性菌株，溶血不动杆菌H2063的基因组序列能够为其他耐药性菌株的研究提供对照。
【学位授予单位】：天津大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R378

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本文编号：1178320