志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列的检测及同源性分析

发布时间：2017-12-12 03:24

  本文关键词：志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列的检测及同源性分析

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【摘要】：目的:检测志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),并与GenBank全基因组中志贺菌重复序列和间隔序列对比,分析其结构特征及同源性。方法:利用PCR法扩增获得志贺菌CRISPR,采用生物信息学方法对重复序列及间隔序列进行同源性分析;运用多序列比对分析间隔序列特点及其与侧翼序列间的联系;BLAST分析间隔序列与质粒和噬菌体的同源性;weblogo分析重复序列碱基频率及RNAfold预测其RNA二级结构;重复序列的同源聚类分析并用BLAST分析重复序列与其他细菌的同源性。结果:被测3株临床志贺菌及9株全基因组志贺菌中均含有不同数量CRISPR;同一个CRISPR中,间隔序列有的相似、有的完全不同,某些CRISPR间隔序列的部分序列与CRISPR侧翼序列存在同源性,某些间隔序列可能是信息基因和操纵基因的拼接重组;重复序列保守性不一致,可能与细菌进化存在一定的联系,重复序列碱基的差异影响茎的长度,从而影响二级结构的稳定性及CRISPR的功能。重复序列与个别远缘菌种具有较高的同源性。结论:志贺菌存在多样的CRISPR结构,不同CRISPR的重复序列保守性不同。某些间隔序列部分与CRISPR侧翼序列同源,某些间隔序列是多基因拼接而成。
【作者单位】： 郑州大学公共卫生学院流行病学教研室;河南科技大学医学院公共卫生教研室;新乡医学院分子诊断与医学检验技术河南省协同创新中心;
【基金】：国家科技重大专项基金资助课题(2013ZX10004607)
【分类号】：R378
【正文快照】： 成簇的规律间隔短回文重复序列(clusteredregularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)是近年发现的一种对外源核酸片段具有获得性免疫能力的结构,主要由一段不连续的正向重复序列和插入其中的间隔序列组成[1]。重复序列相对保守,具有回文结构,体现细菌在进化中

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前3条

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【共引文献】

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【二级参考文献】

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【相似文献】

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本文编号：1281004