噬病毒体启动子模体的初步预测分析

发布时间：2017-12-12 03:25

  本文关键词：噬病毒体启动子模体的初步预测分析

  更多相关文章： 噬病毒体 巨病毒 启动子模体 调控

【摘要】：噬病毒体作为遗传信息的承载者和传播者,在生态系统中有着举足轻重的作用。为了探索噬病毒体以及噬病毒体与其宿主巨病毒间的调控模式和进化关系,本文基于MEME启动子预测分析工具,对噬病毒体ORF上游部分序列(包括起始密码子ATG)中的启动子模体进行了预测分析。依据预测得到的启动子模体E值和在基因组上的位置、数量和长度等信息,共得到17个潜在的启动子模体。sputnik的模体2和zamilon的模体2都存在一个富含AT的区域,广泛分布在基因组上,可能调控大部分ORF的表达;mavirus启动子模体中存在TCTA盒子,而ALM启动子模体中存在ATCT盒子,这两个模体可能为后期启动子模体;OLV的模体2、YSLV1和2的模体3、YSLV3的模体1以及YSLV4的模体1和2都存在富含AT的区域,广泛存在各基因组上,为各噬病毒体的潜在启动子模体。该结果为进一步研究噬病毒体ORF的表达时序及其与宿主巨病毒之间的协同调控表达奠定了一定的理论基础。
【作者单位】： 上海海洋大学食品学院;上海水产品加工及贮藏工程技术研究中心;农业部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估实验室(上海);
【基金】：国家自然科学基金资助项目(No.41376135) 教育部高等学校博士点基金(No.20133104110006) 上海市教委科研创新重点项目(No.14ZZ144) 上海市科委工程中心建设(No.11DZ2280300)
【分类号】：R373
【正文快照】： 3.农业部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估实验室(上海),上海201306)噬病毒体(virophage)这一新的病毒类型最早在2008年于法国巴黎的一座冷水塔中发现[1]。因其能伴随着巨病毒(Giant virus,如mimivirus[1-2]、Organic lake phycodnavirus(OLPV)[3]、Cafeteriaroenbergensis vir

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 李亚东;寸椺;;巨大病毒的发现及研究进展[J];生命科学;2014年08期

中国硕士学位论文全文数据库 前3条

1 赵霞;通过RNA-seq初步考察铜绿假单胞菌噬菌体PaP3对宿主转录组的全局性调控作用[D];第三军医大学;2013年

2 张航烽;应用SELDI-TOF MS质谱技术构建临床常见病原菌蛋白指纹数据库[D];泸州医学院;2013年

3 张稚兰;海洋球石藻（Emiliania huxleyi）病毒两种功能基因的克隆表达及其初步应用研究[D];集美大学;2011年

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 ;南极湖中发现第三种噬病毒体会快速繁殖[J];河南医学研究;2011年02期

2 ;南极湖里发现第三种噬病毒体[J];水产养殖;2011年07期

3 龚岷;病毒体作为联合疫苗的载体[J];国外医学.预防.诊断.治疗用生物制品分册;1996年04期

4 陈巴特尔,刘太平;检测“3194病毒”的一种方法[J];内蒙古民族师院学报(自然科学版);1998年01期

5 ;病毒[J];科学之友;2004年06期

6 杨世诚;病毒正向人类宣战[J];科学中国人;1997年Z1期

7 卪俊;朱既明;;一种新的小白鼠病毒的研究 Ⅱ.病毒的生物学性状[J];微生物学报;1956年01期

8 闻玉梅;;新现与再现的病毒及朊毒子[J];国外医学(微生物学分册);2002年01期

9 ;纳米[J];广州医药;1994年04期

10 Bror Morein ,Kai Simons ,李建中;用病毒体、分子团和其它蛋白复合物制备抗包膜病毒亚单位疫苗[J];微生物学免疫学译刊;1987年01期

中国重要报纸全文数据库 前1条

1 刘霞;南极湖中发现第三种噬病毒体[N];科技日报;2011年

，

本文编号：1281006