部分新型肠道病毒山东地方株全基因组分析及血清流行病学研究

发布时间：2017-12-25 22:07

  本文关键词：部分新型肠道病毒山东地方株全基因组分析及血清流行病学研究　出处：《山东大学》2014年硕士论文　论文类型：学位论文

  更多相关文章： 新型肠道病毒 山东地方株 基因组 血清流行病学 中和抗体

【摘要】：[背景] 人类肠道病毒(Enteroviruses, EVs)型别众多,通常以无症状的隐性感染为主,但也可引起急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis, AFP)、脑膜炎或脑炎、手足口病(Hand, Foot and Mouth Disease, HFMD)、急性出血性结膜炎、心肌炎、类感冒病症等多种疾病,是重要的人类致病病原。 EVs基因组全长约7.5kb,为单股正链RNA,包括5'端非编码区(5'-nontranslated Region,5' NTR),编码多聚蛋白的单一开放读码框(Open Reading Frame, ORF)和3'NTR3个组成部分。1999年,Oberste等首次提出了基于EV VP1序列的分子生物学定型方法。传统血清学方法无法定型的EVs陆续被鉴定出来,目前已分离到40多个新型EVs基因型。其原型株的全基因组多数已经测序完成,但其他分离株的全基因组序列信息有限。EVs进化活跃,目前已经发现的新型EVs,如EV-A76, EV-B74, EV-C96等,均有点突变和型内重组发生。对新型EVs全基因组特征的分析,能够全面掌握毒株的重组和进化特点,并为基因组数据库提供全面的序列信息,对于分析病毒在地区及全球的传播情况提供参考依据。 新型EVs虽然发现较晚,但已与多起疾病暴发相关,如EV-A71已在东亚和东南亚地区引发数起HFMD大流行,成为全球的重大公共卫生问题。另外,EV-B75、 EV-A76和EV-A89与2006年印度、西班牙等国家的病毒性脑炎暴发有关。某些新型EVs的感染还表现为发热、消化道和／或呼吸道症状,常常不易鉴别,这给疾病的预防与早期诊治带来很大困难。进行EVs血清流行病学研究能够掌握人群中EVs抗体携带情况,了解人群的易感性和免疫水平的动态变化,为疾病的预防提供参考依据。目前仅有少数新型EVs的血清流行病学研究报道。 [研究目的] 1.在前期研究的基础上,继续对发现的部分新型EVs山东分离株(EV-A71C2亚型,EV-B74, EV-B80, EV-B87)的全基因组特征进行分析； 2.选择部分新型EVs山东分离株(EV-A71C4亚型,EV-B87, EV-A90),对健康人群的血清中和抗体水平进行检测分析。 [研究方法] 1.对已经鉴定出的新型EVs山东分离株(EV-A71C2亚型、EV-B74、 EV-B80、EV-B87)进行全基因组序列测定。 2.使用BioEdit7.1.7软件,对新型EVs山东分离株与原型株间核苷酸、氨基酸序列相似性进行比对。 3.采用Mega4.0软件,以邻位法(Neighbor-joining Method)与同型分离株构建P1、P2、P3区系统发生树,对新型EVs山东分离株进行进化重组分析。 4.使用Simplot3.5.1软件,分析新型EVs山东分离株与同型分离株在基因组中的重组。 5.选择部分新型EVs山东分离株(EV-A71C4亚型,EV-B87, EV-A90),对健康人群血清中和抗体水平进行检测分析。 [主要结果] 1.新型EVs全基因组序列特征分析 全基因组序列特征分析显示,EV-A74、EV-B80、EV-B87的非结构蛋白编码区均发现了基因重组的证据。在该区域,EV-A74山东株与E13和E19原型株序列同源性较高；EV-B80山东株与E19、E27和E13原型株序列同源性较高；EV-B87山东株与CVB2、EV-B85和EV-B98原型株序列同源性较高。EV-B80山东株相比其原型株,在衣壳蛋白VPl编码区3'端有36个核苷酸插入。插入位点正是不同基因型间衣壳蛋白编码区长度变化的区域。 EV-A71C2亚型山东株96200的全基因组序列分析发现,96200在P1、P2和P3区与EV-A71C2亚型的澳大利亚分离株7F/AUS/6/99、台湾分离株NCKU9822、Tainan/5746/98/TW/1998和pinf7-54A均在同一分支；与类EV-A71C2亚型台湾分离株2008-00643仅P1区在同一分支,在P2和P3区分属不同分支。Simplot同源重组分析发现,在P1、P2和P3区,96200与7F/AUS/6/99、NCKU9822、Tainan/5746/98/TW/1998和pinf7-54A序列相似性均超过90‰与2008-00643、EV-A71原型株BrCr及EV-A71山东地方株JN01/10的相似性,P1区明显高于P2和P3区。 2.新型EVs血清流行病学分析 血清流行病学研究所用标本来自2010年脊髓灰质炎病毒中和抗体监测用血清标本,标本来自10个年龄组,共计390份。EV-A71、EV-B87和EV-A90在人群中的抗体阳性率分别为46.0%、47.0%和8.8%。EV-A71、EV-B87和EV-A90在人群中的抗体阳性率与年龄关系较为密切,在7个月～2岁左右出现最低值,之后逐渐增高。 EV-A71、EV-B87和EV-A90在人群中几何平均滴度(Geometric Mean Titer,GMT)分别为1：5.20、1：4.02和1：1.49,在7个月-2岁左右出现最低值,在5-14岁学龄段出现高值。3.5%的人群EV-A71的GMT≥1：256,符合HFMD实验室诊断病例的标准。仅有0.3%的调查者出现EV-A90的GMT≥1：256,无调查者出现EV-B87的GMT≥1：256。 [主要结论] 1.本研究对EV-A71C2亚型以及EV-B74、EV-B80和EV-B87型山东地方株进行了全基因组序列分析。除EV-B74之外,其他均为国内首次报道的全基因序列。 2. EV-A71C2亚型分离株在1996～1999年间较为保守,根据现有的基因组数据库资料未发现重组的证据。相比1996～1999年的EV-A71C2亚型分离株,2008年台湾类EV-A71C2亚型分离株2008-00643已经发生了重组。 3. EV-B74、EV-B80、EV-B87山东分离株与其他EV-B组肠道病毒在P2和P3非结构蛋白编码区发生重组。EV-B80的基因组比对结果显示,核苷酸的插入和缺失也是EV结构蛋白基因进化的机制之一。 4.7个月-2岁儿童EV-A71、EV-B87和EV-A90抗体阳性率最低,可能是EV的易感人群。 5.EV-B87可能与某些流行的EVs间存在交叉抗体反应,人群中天然形成了EV-B87免疫屏障,由此推测EV87可能不会引发大范围的流行。 6.EV-A90在人群中抗体阳性率较低,而全球和国内分离毒株相对较多,涉及地理范围广,需要对其加强监测。 7.5-14岁年龄组儿童EV-A71、EV-B87和EV-A90中和抗体GMT最高,是感染易发生的年龄段,应加强在学龄儿童中的预防工作,必要时应研发疫苗开展预防接种。
【学位授予单位】：山东大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R373.2

【相似文献】

相关期刊论文 前10条

1 胡玉山;王鸣;杜琳;江丽芳;邓志爱;刘俊华;候水平;林云万;莫自耀;;副溶血性弧菌流行群特异多重PCR鉴定[J];中国公共卫生;2007年05期

2 陆琴,黄爱民,杨幼明,杨俊华,杨惠珍;猫弓形虫感染的血清流行病学调查[J];上海实验动物科学;1996年Z1期

3 杨华,彭克发;彭水县2001至2002年钩端螺旋体病血清流行病学监测分析[J];西南师范大学学报(自然科学版);2005年02期

4 杨培荣;郭淑霞;谭晓华;杨磊;付碧石;王林定;张景玉;张国宁;;新疆某地维吾尔族男性吸毒者KSHV血清流行病学初步分析[J];石河子大学学报(自然科学版);2010年01期

5 吴家驹;刘延明;张齐良;胡必勇;陈茂义;;急性出血性结膜炎流行后居民中柯萨奇病毒A24变种抗体水平的变化[J];中国病毒学;1992年02期

6 段幸生;李绍东;周亚敏;普建刚;刀伟英;;猕猴B病毒相关抗体调查[J];实验动物与比较医学;1993年02期

7 高一彤;曲京华;赵玫;;丝状病毒出血热的血清流行病学调查研究及现状[J];微生物学杂志;2006年02期

8 洪涛,王长安,周德南,范瑞莲,张家驹,赵同兴,杜治冰,尹爱红,张永和,邓秉钧,吴文翰;成人腹泻轮状病毒的血清流行病学[J];病毒学报;1985年03期

9 吕志;付士红;王凤田;Kosoy Olga L;Nasci Roger S;梁国栋;;中国新疆维吾尔自治区不明原因发热人群中Tahyna病毒感染状况调查[J];病毒学报;2011年01期

10 刘君侠 ,剡根强 ,费伟莲;石河子地区部分鸡场马立克氏病血清流行病学[J];石河子大学学报(自然科学版);1986年02期

相关会议论文 前10条

1 杨秀惠;严延生;;福建省HEV71引起手足口病流行的原因探讨——HEV71血清流行病学及分子流行病学研究[A];华东地区第十次流行病学学术会议暨华东地区流行病学学术会议20周年庆典论文汇编[C];2010年

2 向华;黄元;王贵平;宣华;江禹;扈荣良;夏咸柱;涂长春;;犬群免疫国产狂犬病弱毒疫苗后的血清流行病学调查分析[A];中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会成立大会暨第一次学术研讨会论文集[C];2008年

3 张加勇;孙刚;朱琪;赵晓春;李鑫;李海山;郭昭林;杨本;;黑龙江省猪圆环病毒Ⅱ型血清流行病学调查[A];第一届中国养猪生产和疾病控制技术大会——2005中国畜牧兽医学会学术年会论文集[C];2005年

4 胡必杰;;培育医院流行病学专家,提高我国医院感染综合管理能力[A];中国医院协会第十六届全国医院感染管理学术年会资料汇编[C];2009年

5 王建敏;张艳;马德兰;刘岚铮;韩秀云;;济南市麻疹血清流行病学监测分析[A];山东预防医学会首届学术年会资料汇编[C];2003年

6 周绪斌;秦云;丹尼;李聪;栗娟;雷健良;张波;欧阳宽忠;周克钢;;猪伪狂犬病的控制——2007年中国规模化猪场伪狂犬病野毒血清流行病学系统监测与分析[A];2008年中国猪业进展[C];2008年

7 周绪斌;Daniel Torrents;李聪;栗娟;雷健良;欧阳宽忠;周克钢;张波;;六个未免疫喘气病疫苗的规模化猪场肺炎支原体血清学动态监测与启示[A];中国畜牧兽医学会动物传染病学分会第三届猪病防控学术研讨会论文集[C];2008年

8 郑英杰;葛胜祥;张军;郭清顺;吴文翰;王法弟;夏宁邵;姜庆五;;猪是人戊型肝炎病毒感染的主要宿主[A];全国人畜共患病学术研讨会论文集[C];2006年

9 周绪斌;雷健良;周克钢;铁军;Daniel Torrents;叶阳;欧阳宽忠;鄢长瑞;王士祥;杨雄华;阮志勇;李聪;栗娟;秦云;;2008年中国11省市规模化猪场伪狂犬病野毒血清流行病学系统监测与分析[A];中国畜牧兽医学会家畜传染病学分会第七届全国会员代表大会暨第十三次学术研讨会论文集（上册）[C];2009年

10 秦毅斌;赵武;何苹萍;李茂宁;梁家幸;何颖;卢冰霞;李斌;肖爱欢;刘芳;苏乾莲;梁保忠;覃勇;张伟;韦建华;曹国敏;黄伟坚;;广西猪羊乙型脑炎血清流行病学调查[A];中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会第二次学术研讨会论文集[C];2010年

相关重要报纸文章 前10条

1 孟刚邋通讯员 黄显斌;全国人群乙肝血清流行病学调查结果公布[N];中国消费者报;2008年

2 驻沪记者 张莉;乙肝疫苗,你打了吗？[N];医药经济报;2008年

3 樊丹;我国乙肝表面抗原携带者9300万人[N];中国中医药报;2008年

4 单辉;肺炎也会导致脉硬化[N];医药养生保健报;2006年

5 马洪波;珠海局一研究项目通过科技成果鉴定[N];中国国门时报;2007年

6 黄显斌;丙肝——悄悄害你没商量[N];中国中医药报;2006年

7 梅子;我国儿童感染乙肝人数减少近8000万[N];中国改革报;2008年

8 励俊;全国首个小学生肝炎知识教育项目启动[N];科技日报;2008年

9 本报记者 向杰;血样测试：破解SARS隐身术[N];科技日报;2003年

10 李学梅;今冬诺瓦克病毒引起腹泻者增多[N];北京日报;2007年

相关博士学位论文 前8条

1 张丽;乙肝疫苗使用20年后山东省乙型病毒性肝炎血清和分子流行病学研究[D];山东大学;2009年

2 杨勇;人类疱疹病毒6型感染肾脏移植受者的临床实验研究[D];中国协和医科大学;1995年

3 孙虹;我国南方口岸流行性乙型脑炎和人禽流行性感冒监测与分子流行病学研究[D];第一军医大学;2006年

4 康殿民;山东省肾综合征出血热时空流行动态研究[D];山东大学;2006年

5 陈弟诗;猪乙型脑炎病毒—细小病毒—伪狂犬病毒活载体疫苗的研究[D];四川农业大学;2011年

6 初小辉;吉林省猪伪狂犬病流行病学调查与防控措施的研究及应用[D];吉林大学;2011年

7 辛九庆;牛传染性胸膜肺炎诊断技术与分子流行病学研究[D];吉林农业大学;2007年

8 颜其贵;PRRSV-SCQ株结构基因生物信息学及人工感染仔猪病理变化与超微结构研究[D];四川农业大学;2005年

相关硕士学位论文 前10条

1 刘晓林;部分新型肠道病毒山东地方株全基因组分析及血清流行病学研究[D];山东大学;2014年

2 戴迎春;诺瓦克样病毒血清流行病学及基因型别分析研究[D];第一军医大学;2004年

3 高招;河北省乙型肝炎病毒感染血清流行病学特征分析[D];河北医科大学;2013年

4 于德宪;重组人干扰素α-2b喷雾剂人群应用的安全性及其预防呼吸道病毒感染的效果评价[D];第一军医大学;2005年

5 常昭瑞;SARS-CoV结构蛋白血清IgG抗体变化规律及恢复期SARS患者排毒监测[D];山西医科大学;2004年

6 张媛媛;确定化疗目标对象的新型血吸虫病诊断体系的研究[D];南京医科大学;2006年

7 李永成;乙型肝炎病毒感染现状、影响因素及乙肝疫苗免疫持久性研究[D];天津医科大学;2008年

8 王俊明;1986、2005年黑龙江省肇东农村HBV感染标志分析及五种乙肝诊断试剂对比评价[D];河北医科大学;2006年

9 陈雅红;泉州市麻疹流行因素研究[D];福建医科大学;2009年

10 高洪彩;云南省某地艾滋病病毒和其他性传播感染的流行病学研究[D];东南大学;2006年

，

本文编号：1334618