BCG活化小鼠巨噬细胞膜蛋白质组的生物信息学分析及相关分子INATase的初步研究

发布时间：2019-07-25 15:28

【摘要】： 为了发掘出在活化巨噬细胞杀伤肿瘤细胞的过程中,发挥主要介导作用的效应分子,我们利用质谱技术分别对BCG活化和TGC诱导的小鼠巨噬细胞膜蛋白进行了鉴定。通过对两组蛋白的比较和分析,我们得到了421个差异表达在BCG活化巨噬细胞的膜蛋白。然后,我们按照GO分类标准对各个蛋白分子的功能预测进行了注释,其中42个成员被鉴定为亚细胞定位在细胞质膜上的膜蛋白。其余分子功能分布广泛,从细胞组成到代谢组分等等。 我们进而对所鉴定出的差异性膜蛋白进行了生物信息学分析。通过聚类分析、表达模式分析及表达模式关系预测等研究手段,我们发现,这些分子中的大部分,在巨噬细胞中的表达水平都随着活化时间的延长表现出上调表达的趋势。并且,这些蛋白相互间的表达模式相关性非常复杂,几乎每一种蛋白的表达变化都与多种其它蛋白的表达变化紧密相关。 本研究鉴定出的大量活化相关蛋白分子,为深入研究巨噬细胞活化机制及肿瘤细胞杀伤机制积累了必要的数据资料。作为下一阶段对目标蛋白进行功能研究的初始阶段,我们选取了一个全新蛋白INATase。通过构建其重组表达载体,我们获得了一定量的重组蛋白,并制备了兔血清多克隆抗体。为了检测这一蛋白在活化巨噬细胞中的表达情况,我们进行了活化巨噬细胞的免疫组织化学鉴定,初步证实了INATase在活化巨噬细胞中的存在。为下一步进行活化巨噬细胞功能机制的研究奠定了一定的基础。 对于活化巨噬细胞的基因水平变化,已有相关的研究结果。本研究首次从转录水平和蛋白质组水平两个方面对巨噬细胞活化过程中的大分子变化进行了分析和研究,鉴定出相当数量的膜蛋白分子,进一步丰富了巨噬细胞膜蛋白数据库,并成功获得了一个有潜在研究价值的重组蛋白。本研究不但为巨噬细胞接触依赖性杀伤机制及巨噬细胞活化的研究提供了大量非常有价值的资料,而且为后续工作提供了一种可靠的研究思路和可行的研究模式。
【图文】：

第三章 实验结果第三章 实验结果噬细胞膜蛋白的分离与质谱分析取的活化巨噬细胞膜蛋白进行 SDS-PAGE，每个道加样 150μ干净刀片将蛋白泳道平均切成 8 份，分别收集每份胶条，置于酶解。用 LCQ Deca XP system 对酶解的肽段进行分析，采用，得到 16 套质谱数据，待用。用 SEQUEST 软件对小鼠数据 16 套检索结果。SDS-PAGE 结果和从每个胶条中鉴定出的蛋

得到的质谱数据用 BuiltSummary 软件生成蛋白鉴定结果文件。通过比较分析 BCG 活化和 TGC 诱导的蛋白质组数据，可以得到在 BCG 活化巨噬细胞中差异表达的蛋白质。在肽指纹图谱检索时，蛋白使用的是 IPI 编号，由于同一个蛋白质在 IPI 数据库中可能存在多个不同的编号，不利于比较分析，因此我们将蛋白的 IPI 编号通过检索 MGI（Mouse Genome Infomatics，，www.informatics.jax.org/）数据库转换为 MGI 编号。比较分析表明，与对照组 TGC 诱导巨噬细胞膜蛋白组分相比较，共有 421个蛋白质差异表达在 BCG 活化巨噬细胞膜组分中，见表 3.1。为进一步了解这些蛋白质的功能相关信息，我们用基因本体（Gene Ontology, GO）分析了 BCG 活化巨噬细胞差异表达蛋白，结果见图 3.2。GO 分析发现，这些蛋白主要参与了转运（Transport），代谢相关（Protein and DNA/RNAmetabolism）和信号传导（Signal transduction）等功能。其中还包括一部分参与细胞粘附（Cell adhesion）和细胞间通信（cell-cell signaling）的相关蛋白。
【学位授予单位】：吉林大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2009
【分类号】：R392

【共引文献】

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1 李瀚e

本文编号：2519176