华支睾吸虫一氧化氮合酶相互作用蛋白基因的生物信息学分析
【部分图文】：
AlignX程序对CsNOSIP的NOSIP功能域与GenBank中其它物种同源蛋白质序列的NOSIP功能域进行比对分析。1.4蛋白质B细胞表位分析利用B细胞表位在线分析软件（http：//tools.immuneepitope.org/tools）预测蛋白质序列中B细胞表位和肽段。2结果2.1CsNOSIP基因BLASTx的分析结果BLASTx结果分析显示，该基因cDNA全长867bp，起始密码子为ATG，终止密码子为TAG，编码288个氨基酸，确定该基因是华支睾吸虫一氧化氮合酶相互作用蛋白的全长编码序列，见图1。2.2蛋白质的理化性质CsNOSIP基因编码蛋白的等电点（pI）为9.16，为碱性蛋白，理论分子量（MW）为35Mr。成熟肽在酵母内表达的半衰期大于20h，在大肠埃希菌体内表达的半衰期大于10h，编码蛋白质在溶液中的不稳定指数为30.65，低于域值40，说明该蛋白质在溶液中性质稳定。2.3华支睾吸虫一氧化氮合酶相互作用蛋白基因同源性分析应用VectorNTI软件的AlignX程序，对CsNOSIP预测的NOSIP功能域与GenBank中其他物种同源蛋白序列的NOSIP功能域进行多序列比对。选用的同源蛋白包括曼氏血吸虫（S.mansoni）、非洲蛙（X.laevis）、大鼠（R.norvegicus）、小鼠（M.musculus）和人（H.sapiens），其中CsNOSIP与SmNOSIP、XlNOSIP、RnNOSIP、MmNOSIP和HsNOSIP的同源性分别为72.9%、45.2%、47.0%、46.4%和45.8%。多个代表性物种的同源基因的序列比对显示，来自不同物种的N端和C端长度较一致，但氨基酸的一致性较差。相比其他物种已公开的序列，华支睾吸虫的氨基酸序列更加完整，见图2。2.4Int
序列中未发现线粒体定位序列，无信号肽序列，SecretomeP进一步预测，提示CsNOSIP可能为非经典途径分泌蛋白。2.6B细胞线性表位分析利用B细胞表位在线分析软件（CBSPredictionServers）分析CsNOSIP的B细胞线性表位，分析结果显示CsNOSIP基因编码的氨基酸序列中共7个B细胞表位肽段，分值较高的线性表位区域位于第18~31位氨基酸、第52~60位氨基酸、第91~99位氨基酸、第122~131位氨基酸、第140~184位氨基酸、第193~208位氨基酸和第251~261位氨基酸之间，见图4，相应表位的氨基酸序列，见表1。3讨论华支睾吸虫病主要流行于我国、韩国和越南等一些东亚和东南亚国家。最新的统计资料表明，全球约有3500万感染者，其中我国约有1500万［2，8］，华支睾吸虫分泌排泄蛋白刺激胆管壁将引起胆囊炎、胆石并胰腺炎、胆管癌等严重的肝胆管疾病，被世界卫生组织归为第Ⅰ类生物性致癌物质［2，9］，华支睾吸虫病在我国25个盛市、自治区都有不同程度的流行［10］，是国家“十一·五”规划重点防治的寄生虫病之一［11-12］，2009年，国际癌症研究机构指出华支睾吸虫感染是胆管癌的直接诱因之一［1，12］。因此，华支睾吸虫病被认为是对人类健康危害较大的蠕虫病之一，随着分子寄生虫学的不断发展，从分子水平认识寄生虫及其致病机制已成为寄生虫研究领域的热点之一［12］。作者旨在研究CsNOSIP及其编码蛋白质的结构与功能，对阐明华支睾吸虫CsNOSIP致宿主氧化应激的调控机制提供理论性研究。图4华支睾吸虫一氧化氮合酶B细胞线性表位预测Fig.4ThepredictionoflinearB
?。作者旨在研究CsNOSIP及其编码蛋白质的结构与功能，对阐明华支睾吸虫CsNOSIP致宿主氧化应激的调控机制提供理论性研究。图4华支睾吸虫一氧化氮合酶B细胞线性表位预测Fig.4ThepredictionoflinearBcellepitopesofCsNOSIPBepipredLinearEpitopePredictionThreshold=0.3503.53.02.52.01.51.00.50.0-0.5-1.0-1.5-2.0scoreposition050100150200250300注：Cs为华支睾吸虫；Sm为曼氏血吸虫；Xl为非洲蛙；Rn为大鼠；Mm为小鼠；Hs为人类。图2华支睾吸虫一氧化氮合酶基因与其他物种该基因的序列比对Fig.2AlignmentofthenitricoxidesynthaseinteractingdomainofCsNOSIPwiththatofNOSIPfromotherspeciesinGenBank图3InterProScan分析CsNOSIP一级结构中的功能域Fig.3ThedomainsofCsNOSIPfirststructurepredictedbyInterProScan表1B细胞表位预测Tab.1PredictedBcellepitopes编号123456起始位点185291122140193终止位点316099131184208多肽ERQKDAQRSGYGTQPAQDPVVTPQKAREANETTHAKASAQAASSHNSSAPKPASFWTPGVTQRTEKETKLVKPDTTVRCPMSGKPLRFTKSEDDTPNGKSSQG多肽长度（个）1499104516··947
【参考文献】
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本文编号：2840084
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