间日疟原虫环子孢子蛋白基因多态性研究

发布时间：2017-06-16 00:03

  本文关键词：间日疟原虫环子孢子蛋白基因多态性研究，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的本课题主要通过研究间日疟原虫环子孢子蛋白(PvCSP)基因多态性特征,对我省本地和输入的间日疟原虫进行基因型分析。 材料和方法2008年-2013年间,在河南省范围内收集经镜检和PCR双重方法确定的间日疟病人血标本,取患者外周血或静脉血制作成滤纸血,供DNA提取用。根据PvCSP序列特征设计特异性引物,经巢式PCR扩增后,对扩增产物进行正反双向测序,测序结果用ChromasPro软件进行拼接,然后在NCBI中BLAST查找,看有无相同序列,进而与Genbank中的CSP基因进行比对分析,选取国内外代表株,对其核苷酸和氨基酸序列进行比对,采用mega40绘制进化树。 结果(1)52份间口疟原虫现场分离株经巢式PCR扩增,均能扩增出一条600-750bp的条带,用恶性疟患者及健康人标本对照未扩增出任何条带。(2)52份间日疟原虫分离株中,51份属VK210型,只有一份来自腾冲的虫株属VK247型,河南省本地的32份间日疟原虫分离株均属于VK210型。(3)32份本地PvCSP中央重复单位的数目在20-22之间,在中央重复区后,本地PvCSP氨基酸序列均能见到一段12肽的插入序列：GGNAANKKAEDA,插入序列之后大部分本地株出现重复两次的亚重复单位：GGNA;20份输入的间日疟患者血样中,共观察到VK210型的6种不同的序列,PvCSP中央重复区重复单位的数目在17-19之间,部分虫株出现了中央重复区后12肽的插入序列,GGNA亚重复单位的数目分别为1、2、3、5、6、7。(4)河南本地PvCSP序列主要有两种：VK210A(33.33%)和VK210G(42.42%)。与VK210重复单位基本序列相比,本地PvCS P序列有75%以上的中央重复单位至少有一个非沉默的碱基变换。9肽单位氨基酸序列观察到了7种变化,重复单位的变异主要发生在第3、4、6、7、9、14、21、22核苷酸,其中,第3、21核苷酸常发生沉默的碱基变换,第4、7、9、14、22核苷酸常发生非沉默的碱基变换,而第6核苷酸既可以发生沉默的碱基变换,又可以发生非沉默的碱基变换。(5)本地PvCSP可以分为2个基因亚型A和B,亚型A又可以进一步划分为A1、A2、A3。在本地序列各个亚型中任选一个序列与输入性序列及Genbank中的序列做同源性分析：A1、A2、A33型的同源性为91.9%-96.0%,与M28746的同源性为89.8%-94.0%,与U08977的同源性为93.3%-97.4%,与M28745的同源性为16.8%-21.2%；基因亚型B与M28746的同源性为71.7%；与U08977的同源性为72.5%,与M28745的同源性为35.7%。HNSR27与M28745的同源性为99.3%,与AF316584的同源性为97.4%,与M28746的同源性为13.7%。 结论河南省间日疟原虫CSP基因属VK210型,共观察到八种不同的序列；河南省PvCSP与非洲、东南亚等疟区输入的PvCSP差异较大,与中国贵州株、朝鲜株PvCSP相似但仍可以区分。
【关键词】：间日疟原虫 环子孢子蛋白 多态性
【学位授予单位】：郑州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：R382.31
【目录】：

• 摘要4-6
• Abstract6-8
• 中英文~.略词8-12
• 1 引言12-16
• 1.1 疟疾流行情况12-13
• 1.2 间日疟原虫分子标志研究现状13-14
• 1.3 本课题研究内容及其意义14-16
• 2 实验材料16-18
• 2.1 实验样本16
• 2.2 实验试剂16-17
• 2.3 实验仪器和设备17-18
• 3 实验方法18-23
• 3.1 血涂片镜检法18
• 3.2 滤纸血样的DNA提取18
• 3.2.1 试剂盒组分18
• 3.2.2 样品处理18
• 3.2.3 提取步骤18
• 3.3 PCR检测疟原虫种类18-20
• 3.3.1 引物设计18-19
• 3.3.2 扩增体系及反应条件19-20
• 3.4 巢式PCR扩增PvCSP基因20-21
• 3.4.1 引物设计20
• 3.4.2 扩增体系及反应条件20-21
• 3.5 琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物21-22
• 3.6 目的基因测序22
• 3.7 测序结果比对22
• 3.8 进化树分析22-23
• 4 结果23-36
• 4.1 一般情况23
• 4.2 PvCSP基因扩增结果23-24
• 4.3 预实验的PCR扩增产物序列测定结果24
• 4.4 序列比对分析24-27
• 4.5 PvCSP基因相似性分析27-29
• 4.6 PvCSP基因多态性分析29-31
• 4.7 PvCSP的进化树分析31-36
• 5 讨论36-39
• 6 结论39-40
• 参考文献40-44
• 综述44-54
• 1. PvCSP的分子结构44-46
• 2. PvCSP基因多态性的研究46-50
• 2.1 国内学者对PvCSP基因多态性的研究46-49
• 2.2 国外学者对PvCSP基因多态性的研究49-50
• 3. 结语50-51
• 参考文献51-54
• 个人简历54-55
• 致谢55

【参考文献】

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本文编号：453822