一株肠致病性大肠杆菌的全基因组序列分析

发布时间：2017-06-16 19:12

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【摘要】：目的分析并找出肠致病性大肠杆菌Deng(Enteropathogenic Escherichia coli Deng,EPEC Deng)的全基因组序列特点。方法 EPEC Deng来源于我国婴幼儿腹泻患者的粪便标本,菌株采用诊断血清鉴定血清型,通过自动细菌鉴定仪,使用微量肉汤法进行药敏试验。进一步提取细菌总DNA,构建测序文库,通过Illumina 2000仪器测序,然后利用多引物PCR等方法进行补缺口及拼接,最终获得完整的全基因组。采用相关软件获得基因序列,通过对比已知的蛋白数据库进行基因功能注释及生物信息学分析。结果 EPEC Deng菌株归属O119:H6,药敏结果显示该菌株对环丙沙星、左氧氟沙星、氨苄西林及氨苄西林/舒巴坦耐药,对其余的抗菌药物均敏感。EPEC Deng基因组包含5 233 046 bp,GC含量50.48%。基因组通过注释后总共有5 347个编码蛋白序列,80个t RNA的编码基因,以及22个完整的r RNA基因编码的操纵子。EPEC染色体基因组中含有致病岛,大小约为40Kb左右,与数据库中的一个37Kb的致病岛(AF200363.1)序列极为相似,相似度达到99%。结论完成了肠致病性大肠杆菌基因组精细测序分析,PAI是EPEC致病的关键,为进一步研究菌株的进化关系提供了基因数据。
【作者单位】： 广东医学院附属深圳市南山区人民医院感染科;深圳市内源性感染诊治重点实验室;
【关键词】： 肠致病性大肠杆菌 高通量测序 全基因组序列
【基金】：国家自然科学基金(No.81170370/H0312) 深圳市科创委项目(No.JCYJ20130402151227180) 深圳市卫人委项目(No.201203203,201203211,201302199,201303186,201401083,201401084,201402130,201402131,201402133)
【分类号】：R378.21
【正文快照】： 大肠杆菌是目前肠道最常见的致病菌之一,而肠目前未见我国流行EPEC株全基因结构分析报道。致病性大肠杆菌(Enteropathogenic Escherichia coli,近年随着测序技术的发展,全基因测序和生物进化分EPEC)更是引起全球婴幼儿腹泻和成人散发性腹泻析逐渐揭示EPEC的基因特点。目前对EP

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 郝艳华;张维;陈明;;细菌双组分系统的研究进展[J];中国农业科技导报;2012年02期

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前5条

1 崔艳艳;高洪;严玉霖;赵汝;卢琴;李祥峰;邵志勇;臧雅婷;;大肠埃希菌外膜蛋白F与细菌耐药性研究进展[J];动物医学进展;2013年06期

2 董浩;吴清民;;布鲁菌二元调控系统研究进展[J];动物医学进展;2013年08期

3 李琴;燕永亮;苏磊;战嵛华;张云华;王荣富;;一般氮代谢调控蛋白NtrC的研究进展[J];中国农业科技导报;2013年03期

4 孙世中;刘刚;官会林;;生命系统中分子间的对应关系[J];中国生物化学与分子生物学报;2013年11期

5 张帅;刘宇思;王虹;王哲;王维;张雪梅;;肺炎链球菌组氨酸激酶VicK的全长表达及其保守性分析[J];中国抗生素杂志;2014年02期

中国博士学位论文全文数据库 前1条

1 董浩;MucR蛋白影响羊种布鲁氏菌毒力的靶点鉴定[D];中国农业大学;2014年

中国硕士学位论文全文数据库 前7条

1 郇斐;链霉菌双组份信号转导系统的研究[D];山东大学;2013年

2 聂佳莹;幽门螺杆菌感应蛋白CrdS的原核表达及其在酸适应调控中的作用[D];重庆医科大学;2013年

3 金华燕;蛹虫草组氨酸激酶基因（CmHK）和Kexin基因（CmKexin）的研究[D];江西师范大学;2013年

4 刘翠翠;福氏志贺菌耐药株的转录组测定及sRNA差异分析[D];中国农业科学院;2014年

5 崔艳艳;云南撒坝猪大肠杆菌OmpF缺失株的构建及其耐药性分析[D];云南农业大学;2014年

6 张帅;肺炎链球菌组氨酸激酶（VicK）中药单体抑制剂的抗菌作用研究[D];重庆医科大学;2014年

7 王刚锋;水稻两个ROS调控相关RPK基因的克隆及其功能研究[D];西北农林科技大学;2014年

【二级参考文献】

中国期刊全文数据库 前2条

1 秦智强;瞿涤;;细菌双组分信号转导系统[J];国外医学(微生物学分册);2003年05期

2 秦珑;杨瑞馥;;二元调控系统PhoP-PhoQ在细菌中的调控作用[J];生物技术通讯;2006年03期

中国博士学位论文全文数据库 前1条

1 王梁燕;耐辐射球菌中反应调节蛋白的研究[D];浙江大学;2008年

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 李华;邵聪文;潘s，

本文编号：456235