基于全局角度网络策略的复杂疾病风险通路识别

发布时间：2017-07-18 23:11

  本文关键词：基于全局角度网络策略的复杂疾病风险通路识别

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【摘要】：复杂疾病的发生发展与机体内生物学通路的功能紊乱有密切联系,从高通量数据出发,利用计算机辅助方法来研究疾病与通路间的关系具有重要意义.本文提出了一个新的基于网络的全局性通路识别方法.该方法利用蛋白质互作信息和通路的基因集组成信息构建复杂的蛋白质-通路网.然后,基于表达谱数据,通过随机游走算法从全局层面优化疾病风险通路.最终,通过扰动方式识别统计学显著的风险通路.将该网络运用于结肠直肠癌风险通路识别,识别出15个与结肠直肠癌发生与发展过程显著相关的通路.通过与其他通路识别方法(超几何检验,SPIA)相比较,该方法能够更有效识别出疾病相关的风险通路.
【作者单位】： 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院;
【关键词】： 风险通路 蛋白质-通路网 蛋白质互作 随机游走
【基金】：国家自然科学基金(31200996) 黑龙江省教育厅项目(12531295) 哈尔滨医科大学于维汉院士杰出青年培养基金资助~~
【分类号】：R363
【正文快照】： 复杂疾病的发病机理被认为是来自于多基因变异的联合效应[1],疾病的发生和发展与生物通路功能紊乱有密切联系[2],此外药物治疗中也涉及代谢通路的局部改变[3].随着高通量技术的发展,产生了海量的生物学数据.因此,从高通量数据出发,利用生物信息学方法挖掘与疾病发生机制相关的

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前7条

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【相似文献】

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4 浙江大学遗传与基因组医学教授 祁鸣邋郑颖t，

本文编号：560197