小鼠胚胎成纤维细胞内质网应激反应中的长链非编码RNA表达谱及生物信息学研究

发布时间：2017-08-15 08:11

  本文关键词：小鼠胚胎成纤维细胞内质网应激反应中的长链非编码RNA表达谱及生物信息学研究

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【摘要】：目的探究内质网应激反应也称为未折叠蛋白效应(unfolded protein response,UPR)激活后小鼠胚胎成纤维细胞(mouse embryonic fibroblasts,MEFs)的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)表达谱。方法分离13天的小鼠胚胎获得并培养MEFs,采用内质网应激反应诱导剂衣霉素(tunicamycin)处理细胞16h后发生UPR;以未处理的MEFs作为阴性对照,采用基因芯片技术检测lncRNA表达谱,实时荧光定量PCR(real-time PCR)验证lncRNA芯片结果并进行生物信息学分析。结果与未使用衣霉素处理的MEFs相比,衣霉素处理的MEFs有411个lncRNAs表达量出现显著上调,790个lncRNAs出现显著下调;实时荧光定量PCR验证部分lncRNAs表达结果与芯片一致;高级生物信息学分析分析了显著变化的lncRNAs并提示它们可能参与了细胞内许多生物学过程的调控。结论 lncRNA表达谱及生物信息学分析提示lncRNA在UPR激活后的细胞功能中可能发挥重要作用。
【作者单位】： 中国医学科学院/北京协和医学院基础医学研究所生理学系;
【关键词】： 长链非编码RNA 内质网应激反应 基因芯片 生物信息学
【分类号】：R329.2
【正文快照】： 内质网应激反应(endoplasmic reticulum stress re-sponse)也称为未折叠蛋白效应(unfolded protein re-sponse,UPR)。当细胞遭受过酸、低氧、缺糖等刺激时,会导致未折叠蛋白或者错误折叠蛋白在内质网腔内积聚,引起UPR[1]。研究表明,哺乳动物细胞中内质网应激反应激活后将通过I

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本文编号：677088