人内源性抗HIV-1因子网络与BST-2研究

发布时间：2017-08-20 11:09

  本文关键词：人内源性抗HIV-1因子网络与BST-2研究

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【摘要】：近年来，人体内的抗病毒因子与HIV-1相应的拮抗因子不断出现，这些蛋白质不仅彼此之间有着相互作用。而且每一种蛋白都和其他许多蛋白质有着蛋白质-蛋白质相互作用，这些相互作用交织成网，十分复杂。一些蛋白质功能相近，结构互补，可以形成复合物，来共同执行某项生物功能。通过生物信息学的方法来模拟分析这些网络，可以发现与HIV-1相关的未知蛋白质，为实验提供新的思路。本课题利用Cytoscape软件，以APOBEC3G、Trim5α、BST-2、CBF-β、Vif、Gag和Vpu七种蛋白为主体，构建了人内源性抗HIV-1因子与HIV-1组分相互作用网络模式图，并利用Network Analysis工具对该网络加以分析，通过ClusterViz插件预测出其中潜在的4种复合体，其中发现Vpu和BST-2可能确实存在着相互作用。在这一结果的基础上，，本课题以目前研究相对较少的BST-2作为研究重点。BST-2是最近发现的人内源性抗HIV-1蛋白，它可以将HIV-1病毒粒子束缚在细胞表面，从而抑制其释放。而HIV-1的Vpu蛋白可以拮抗这一效果。Vpu拮抗BST-2的作用具有种属特异性，它可以下调人BST-2在细胞膜的水平，但对非洲绿猴和恒河猴BST-2则无效。本课题从HeLa细胞中获取了BST-2的cDNA，构建了野生型BST-2的真核表达载体pEGFP-BST-2与pFC15A-BST-2。BST-2融合蛋白在293FT细胞的胞浆及胞膜表达，并在胞浆呈现非均匀的分布。此外，本课题还针对人BST-2和两种猴BST-2的跨膜区存在的六个位点氨基酸差异，构建了六种以pcDNA3.1(+)为载体的突变型BST-2真核表达载体。
【关键词】：骨髓基质干细胞抗原2 人类免疫缺陷病毒1型 蛋白质-蛋白质相互作用 Cytoscape软件
【学位授予单位】：北京工业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：R373
【目录】：

• 摘要4-5
• Abstract5-6
• 目录6-9
• 第1章 绪论9-21
• 1.1 HIV-1 概述9
• 1.2 抗 HIV-1 治疗的进展9-11
• 1.3 BST-2 的结构与功能11-13
• 1.4 Vpu 的结构与功能13-17
• 1.5 蛋白质相互作用网络以及 Cytoscape 软件介绍17-18
• 1.6 课题研究内容18-21
• 第2章 人内源性抗 HIV-1 因子与 HIV-1 组分相互作用网络的构建以及潜在复合体的推测21-35
• 2.1 研究材料21
• 2.1.1 研究所用软件与插件21
• 2.1.2 蛋白质-蛋白质相互作用网络外部资源21
• 2.2 研究方法21-22
• 2.2.1 可视化网络的构建21-22
• 2.2.2 PPIs 网络的分析与潜在复合体的推测22
• 2.3 研究结果22-34
• 2.3.1 蛋白质相互作用可视化网络的构建22-26
• 2.3.2 网络参数分析26-30
• 2.3.3 潜在蛋白质复合体的预测30-34
• 2.4 本章讨论与小结34-35
• 第3章 野生型人 BST-2 在 293 FT 细胞中的表达35-49
• 3.1 实验材料35-37
• 3.1.1 菌种与质粒35
• 3.1.2 细胞株35
• 3.1.3 细胞培养相关材料35
• 3.1.4 工具酶与试剂35-36
• 3.1.5 序列的设计合成与测序36
• 3.1.6 主要仪器36
• 3.1.7 溶液配制36-37
• 3.2 试验方法37-43
• 3.2.1 RT-PCR 扩增野生型人 BST-2 基因片段37-39
• 3.2.2 RT-PCR 产物回收39
• 3.2.3 将 RT-PCR 产物连接到 pGEM-T 载体39-40
• 3.2.4 质粒转化与菌落挑取40
• 3.2.5 质粒少量提取40
• 3.2.6 质粒酶切鉴定40
• 3.2.7 将鉴定正确的载体双酶切并连接到 pEGFP-C3 或 pFC15A 载体40-42
• 3.2.8 质粒转化、少量提取和酶切鉴定42
• 3.2.9 质粒的大量提取42
• 3.2.10 细胞培养42
• 3.2.11 细胞转染42-43
• 3.2.12 野生型人 BST-2 蛋白的亚细胞定位43
• 3.3 实验结果43-46
• 3.3.1 pEGFP-BST-2 与 pFC15A-BST-2 真核表达载体的构建43-44
• 3.3.2 EGFP-BST-2 与 BST-2-HaloTag 在 293 FT 细胞中的表达44-46
• 3.4 本章讨论与小结46-49
• 第4章 人 BST-2 突变体真核表达载体的构建49-57
• 4.1 实验材料49
• 4.2 实验方法49-53
• 4.2.1 重叠 PCR 反应49-51
• 4.2.2 PCR 产物回收51
• 4.2.3 PCR 产物连接到 pGEM-T 载体51
• 4.2.4 质粒转化、菌落挑取51
• 4.2.5 质粒少量提取51
• 4.2.6 质粒酶切鉴定51-52
• 4.2.7 将鉴定正确的载体双酶切并连接到 pcDNA3.1(+)载体52
• 4.2.8 质粒转化、少量提取和酶切鉴定52-53
• 4.2.9 质粒的大量提取53
• 4.3 实验结果53-54
• 4.4 本章讨论与小结54-57
• 结论57-59
• 参考文献59-63
• 攻读硕士学位期间发表的论文63-65
• 致谢65

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 岳春燕;毛欣茹;郑磊;高雅;朱阳敏;吴彬;洪佳琼;平宝红;;模拟微重力对巨核细胞增殖和分化的影响[J];实用医学杂志;2014年12期

中国博士学位论文全文数据库 前3条

1 庞晓静;BRET方法研究BST-2和HIV-1 Vpu相互作用及小分子化合物抑制剂的筛选[D];北京协和医学院;2013年

2 顾龚平;BST-2结合MT1-MMP抑制MMP2活性，阻止细胞生长与迁移的机理研究[D];南京师范大学;2013年

3 王静;永生化猪小肠上皮细胞系的建立及猪轮状病毒对其影响的研究[D];西北农林科技大学;2014年

中国硕士学位论文全文数据库 前4条

1 李沂;IFITM1\2\3的克隆表达及其抗病毒作用研究[D];吉林农业大学;2013年

2 朱迎紫;钙离子及水解酶在HIV-1 Vpu对宿主限制因子Tetherin拮抗过程中的作用研究[D];吉林大学;2014年

3 安孝德;基于1，6-二氮杂萘并咪唑酮结构的c-Met抑制剂和新型CXCR4抑剂的设计合成及生物活性研究[D];苏州大学;2014年

4 岳春燕;模拟微重力对巨核细胞增殖和分化的影响研究[D];南方医科大学;2014年

本文编号：706255