埃博拉病毒包膜糖蛋白二级结构及B细胞表位的预测

发布时间：2017-08-16 20:13

  本文关键词：埃博拉病毒包膜糖蛋白二级结构及B细胞表位的预测

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【摘要】：目的预测并分析从2014年西非埃博拉出血热暴发地区感染患者分离的扎伊尔型病毒株包膜糖蛋白(glycoprotein,GP)的二级结构及B细胞表位。方法通过Gen Bank搜索近期公布的分离自西非地区的扎伊尔型埃博拉病毒株基因组,获得GP1、GP2和s GP 3种包膜糖蛋白的基因及氨基酸序列,采用互联网服务器在线预测其二级结构及B细胞表位,并分析蛋白的各种氨基酸组成比例及可能的蛋白结合位点,通过亲/疏水性等参数判断氨基酸序列中可能暴露在蛋白结构表面或隐藏在内部的区段。结果在编码GP1、GP2和s GP的氨基酸中,占组成比例最多的均为苏氨酸。GP1和s GP可能的蛋白结合位点较多,且整个蛋白暴露于表面的区域和隐藏区域呈均匀相间分布;GP2结构较前二者特殊,存在一个暴露在蛋白结构表面的大片段的无序结构区域。GP1 N-末端第20~37和166~186区段,GP2 N-末端第361~379区段,s GP N-末端第20~37和166~185区段,可能为跨膜螺旋结构。s GP可能存在4个含有二硫键的区域。B细胞表位分析结果显示,GP1和GP2中疏水区域主要集中在N-末端第1~325位氨基酸之间;亲水区域主要集中在N-末端第326~676位氨基酸之间;亲水与疏水区域分界明显,几乎无交叉;可能存在2个线性表位,分别位于N-末端第324~450、461~676区段;预测共存在25个可能形成构象表位的氨基酸位点或序列,其中可能性在90%以上的位点或序列有6个。结论通过对此次流行于西非的埃博拉病毒包膜糖蛋白的二级结构及可能性B细胞表位的预测,为实验确定埃博拉病毒包膜糖蛋白的结构与功能、B细胞表位免疫识别以及埃博拉病毒预防、治疗和诊断制品的研发提供了参考。
【作者单位】： 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室;
【关键词】： 埃博拉病毒 糖蛋白 蛋白质二级结构 B细胞表位
【基金】：国家自然科学基金面上项目(81171946) 云南省科技厅社会发展科技计划项目(2011CA016) 云南省自然科学基金项目(2009ZC187M,2012FB188)
【分类号】：R373.9;R392.11
【正文快照】： 表1 GP编码基因及氨基酸序列相关信息Tab 1.Data on gene and amino acid sequences of GP蛋白名称基因位置核苷酸长度(bp)氨基酸长度(aa)氨基酸序列GP1 5 918~6 802 885 294 MGVTGILQLPRDRFKRTSFFLWVIILFQRTFSIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRD-KLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSVTKRWGFRSGV

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本文编号：685288